mpiBLAST NCBI BLAST bir MPI tabanlı paralel uygulamasıdır. Proje formatdb yerini ve yüklü MPİ ile bilgisayarların bir kümede paralel ŞOK işleri yürütmek sürümleri ile blastall programların bir çift oluşur. Geleneksel BLAST karşı mpiBLAST kullanmanın iki temel avantajı vardır.
Birincisi, mpiBLAST kümedeki her düğüm karşısında veritabanını böler. Veritabanının her düğümün segmenti olduğu için küçük genellikle nedeniyle, disk I / O ortadan kaldırılması önemli bir hızlanma veren, tampon önbellek bulunabilir. İkincisi, bu interprocessor iletişim talepleri düşüktür çünkü ŞOK kullanıcıların verimli, düşük maliyetli Beowulf kümeleri yararlanmak için izin verir.
mpiBLAST veritabanı RAM sığmayacak kadar büyük olduğu durumlarda süper lineer hızlanma elde ve diğer durumlarda doğrusal speedup yakın. Bu özel bir küme gerektirmez.
Gereksinimler:
Yorum Bulunamadı