Swiss-PdbViewer

İsviçre-PdbViewer (aka DeepView) aynı anda birden fazla protein analiz sağlayan bir kullanıcı dostu arayüzü sağlayan bir uygulamadır. proteinler yapısal hizalamalar anlamak ve onların aktif siteler veya diğer ilgili bölümlerini karşılaştırmak amacıyla eklenmiş olabilir. Amino asit mutasyonları, H-bağları, açılar ve atomlar arasındaki mesafeler sezgisel grafik ve menü arayüzü sayesinde elde kolay.

İsviçre-PdbViewer (aka DeepView) Nicolas GUEX tarafından 1994 yılından beri geliştirilmiştir. İsviçre-PdbViewer sıkıca SWISS-MODEL, Basel Biozentrum de Yapısal Biyoinformatik Grubu Biyoinformatik İsviçre Enstitüsü (SIB) içinde geliştirilen bir otomatik homoloji modelleme sunucusuna bağlıdır.

Bu iki program ile çalışma büyük ölçüde bir 3D şablona üzerine bir protein birincil dizisi iplik ve dişli protein olacaktır ne kadar iyi bir anında geri bildirim almak mümkün olduğu gibi, modeller üretmek için gerekli iş miktarını azaltır Eksik döngüler oluşturmak ve yan zincir ambalaj rafine bir istek göndermeden önce referans yapısı tarafından kabul.

İsviçre-PdbViewer da elektron yoğunluğu haritaları okumak ve yoğunluğa oluşturmak için çeşitli araçlar sunar yapabilirsiniz. Buna ek olarak, çeşitli modelleme araçları popüler enerji minimizasyonu paketleri entegre ve komut dosyaları oluşturulabilir vardır.

Son olarak, özel bir bonus olarak, POV-Ray sahneleri çarpıcı ray-takip kaliteli görüntüler yapmak için geçerli görünümü elde edilebilir.

Ne yeni Bu sürümde:

Timin C6 atomu şimdi doğru yüklü

• 
  PC sürümü üzerinde
• Sabit POV-Ray çıkış sonsuz döngü
  PC'de
• PDB dosyaları tasarruf ederken (örneğin 2i37 gibi) zaman zaman kilitlenme sabit olmuştur
  
• Uppsala Elektron Yoğunluk Haritası Server adresi Güncelleme