Yazılım ekran görüntüsü:
Yazılım detaylar:
Versiyon: 1.65
Qayıt: 1 Mar 15
Geliştirici: The Biopython Consortium
Lisans: Ücretsiz
Popülerlik: 140
geliştiriciler uluslararası bir ekip geliştirilen Python kütüphanelerini ve biyoinformatik mevcut ve gelecekteki çalışmaların ihtiyaçlarını uygulamaları geliştirmek için bir dağıtılmış ortak çaba var.
yeni nedir Bu sürüm:.
- Bio.Phylo geç Yanbo Ye tarafından GSoC iş itibaren, ağaç inşaat ve uzlaşma modüllerine sahiptir
- Bio.Entrez artık otomatik olarak indirmek ve kullanıcının ev dizini altında ayrıştırma XML için yeni NCBI DTD dosyalarını önbelleğe olacaktır (Unix sistemleri gibi ~ / .biopython kullanarak ve Windows $ AppData / BioPython).
- Bio.Sequencing.Applications şimdi samtools komut satırı aracı için bir sarıcı içerir.
- Bio.PopGen.SimCoal şimdi de fastsimcoal destekler.
- SearchIO hmmer3 metin, hmmer3-tab, ve hmmer3-domtab artık hmmer3.1b1 çıktı destekler.
- BioSQL geç MySQLdb alternatif olarak (Python 2, 3 ve PYPY için mevcuttur) mysql-bağlayıcı paketini kullanabilirsiniz (Python 2 sadece) MySQL veritabanına bağlanmak için.
Hangi sürümü 1.63 Yeni:
- Şimdi yerleşik Python 3 tarzı bir sonraki işlevi kullanır Python 2 stil Yineleyicilerin '.next yeri () yöntemi.
- güncel sürümü 2to3 kütüphane ihtiyacını kaldırıldı.
Hangi sürümü 1.62 Yeni:.
resmen Python 3
sürüm 1.60 yeni nedir :
- Yeni modül Bio.bgzf okuma ve yazma BGZF dosyaları (destekler Engellenen GNU Zip Formatında), verimli rasgele erişim GZIP bir varyantı, en sık BAM dosya biçimi ve Tabix de bir parçası olarak kullanılır.
- GenBankası / EMBL ayrıştırıcı şimdi tanınmayan özellik yerle ilgili bir uyarı verir ve (Yok gibi özelliğin yerini bırakarak) ayrıştırma devam edecektir.
- Bio.PDB.MMCIFParser artık varsayılan olarak derlenen (ama hala Jython, PYPY veya Python 3 altında mevcut değildir) olduğunu.
sürüm 1.59 yeni nedir:
- Yeni modül Bio.TogoWS TogoWS DİNLENME için bir sarıcı sunuyor API.
- NCBI Entrez Al fonksiyon Bio.Entrez.efetch EFetch 2.0 çoklu kimlik argümanları NCBI sıkı işleme işlemek için güncellendi.
Hangi sürümü 1.58 Yeni:
- PAML için yeni bir arayüz ve ayrıştırıcılarda (Filogenetik Analizi ile Maksimum Olabilirlik) programları paketi, destekleme codeml, baseml ve yn00 olarak CHI2 Python yeniden uygulanması Bio.Phylo.PAML modül olarak ilave edildi.
- Bio.SeqIO okumak artık ABI dosyaları için destek içerir (& quot; Sanger & quot; kılcal sıralama izleme dosyaları, Phred nitelikleri ile içeren denilen diziyi) .
- Bio.AlignIO & quot; Fasta-m10 & quot; Bill Pearson FASTA sürüm 3.36 kullanılan ayrıştırıcı işaretleyici hatları ile başa çıkmak için güncellendi.
sürüm 1.57 yeni nedir:.
- BioPython şimdi pip ile monte edilebilir
sürüm 1.56 Yeni nedir:
- Bio.SeqIO modülü desteklemek için güncellendi protein EMBL (patentler veritabanı için kullanılan) dosyaları, (Uri Laserson yardımıyla EMBL dosya biçimi bir varyantı,) IMGT dosyaları ve UniProt XML dosyaları.
Hangi sürümü 1.55 Yeni:
- pek çok çalışma yoluyla (Python 3 desteği doğru olmuştur 2to3 komut dosyası), ama biz bir şey kırdı sürece herhangi bir değişiklik fark olmamalıdır.
- yeni özellikler açısından, en çok dikkat çeken vurgulamak komut satırı aracı uygulama sarıcı sınıflar çok daha kolay harici araçları aramak için yapmak gereken, şimdi yürütülebilir olmasıdır.
Gereksinimler :
- Python 2.6 veya daha yüksek
Yorum Bulunamadı