DendroPy

Bu tür ağaçlar ve karakter matrisleri gibi filogenetik verilerle çalışmak için sınıflar ve fonksiyonları sağlar.
Aynı zamanda NEXUS, NeXML, PHYLIP, Newick, FAŞTA, vs gibi standart filogenetik veri formatları, bir dizi veri okuma ve yazma destekler ..
Buna ek olarak, bazı yararlı filogenetik hesaplamaları gerçekleştirmek için komut dosyaları filogenetik ağaçların posterior numunesi tarafından verilen çatlak ya da Soyların için destek özetler gibi SumTrees olarak kütüphane, bir parçası olarak dağıtılır.
Indirme paketinde dokümantasyon ve öğretici dosyaları var genişletilmiş

Bu sürümde Yeni nedir:. Metadata için

• Yeni altyapı açıklamalar:. AnnotationSet ve Ek Açıklama
• NeXML 0.9 metadata ayrıştırma ve yazma tam destek.
• get_from_url () ve read_from_url () yöntemleri artık URL gelen filogenetik verilerin okunması için izin verir.
• Eklendi GBIF birlikte çalışabilirlik modülü (& quot; dendropy.interop.gbif & quot;)
.

sürümünde 3.12.2 yeni Nedir:

• meta açıklamaları için yeni altyapı: AnnotationSet ve ek açıklama.
• NeXML 0.9 metadata ayrıştırma ve yazma tam destek.
• get_from_url () ve read_from_url () yöntemleri artık URL gelen filogenetik verilerin okunması için izin verir.
• Eklendi GBIF birlikte çalışabilirlik modülü (& quot; dendropy.interop.gbif & quot;)
.

nedir sürümü 3.11.0 Yeni

• genelinde şube etiket birleştirme için yeni bir uygulama komut birden fazla giriş ağaçları. sumlabels.py
• Yeni çalışabilirlik sınıfı dendropy.interop.seqgen.SeqGen. Seq-Gen için sarıcı kitaplığında entegre
• Yeni çalışabilirlik işlevi dendropy.interop.muscle.muscle_align ():. KAS uyum için sarıcı
• Yeni çalışabilirlik sınıfı dendropy.interop.raxml.RaxmlRunner. RAxML için sarıcı
• prune_taxa () yöntemi CharacterMatrix ekledi.
• Matematik modülleri kendi subpackage taşındı. dendropy.mathlib
• matris ve vektör hesaplamaları için yeni modül:. dendropy.mathlib.linearalg
• istatistiksel mesafe hesaplaması için yeni modül:. dendropy.mathlib.distance
• Mahalanobis mesafe hesaplama dendropy.mathlib.distance işlevlerin Ailesi:. squared_mahalanobis, squared_mahalanobis_1d, Mahalanobis, mahalanobis_1d

nedir sürümü 3.9.0 Yeni

• Yeni Özellikler:
• Filogenetik bağımsız tezat (PIC) analizi artık dendropy.continuous.PhylogeneticIndependentContrasts sınıfını kullanarak yapılabilir.

simülasyon
• Basitleştirilmiş bulunan glikol ester (tür ağaç gen ağacı).
• Değişiklikleri:
• as_string için Anahtar Kelime argümanlar (), write_to_path (), write_to_file, vb yöntemler NEXUS ve Newick biçimleri için daha tutarlı olmaya tweaked edilmiştir. Önceki anahtar kelimeler hala desteklenir, ancak önerilmemektedir edilecektir. Ref: desteklenen anahtar kelime argümanlar yeni bir dizi görülebilir NEXUS ve Newick yazma özelleştirme & # x3c; Customizing_Writing_NEXUS_and_Newick & # x3e; bölüm.
• NEXUS ve Newick şimdi takson etiketleri duyarsız harf varsayılan biçimleri; küçük harf duyarlılığı için yanlış case_insensitive_taxon_labels = belirtin.
• Hata düzeltmeleri:
• interleaved karakteri Okuma atlanan (NEXUS) olmak aşağıdaki blokta artık sonuç matrisler.
• özet istatistikleri hesaplanırken OverflowError yakalandı.

nedir sürümü 3.8.0 Yeni

• Ağaç nesneleri artık orta noktasında rerooted edilebilir (bkz Tree.reroot_at_midpoint ()).
• Açıklamalar (yani vardı & quot var Ağacı, Düğüm veya Kenar nesnelerin niteliklerini, annotate () & quot; onlara denir) şimdi meta yorum olarak yazılabilir (& quot; [ve alan = value] & quot;) yazma NEXUS Anahtar kelime argümanı annotations_as_comments kullanılırsa / Newick biçimi.
• NEXUS okuma / Newick formatında ağaçları, meta yorumların neden olacaktır = true extract_comment_metadata belirterek tuşları alan değerlerini olmak FieldNames ve değerleri olmak üzere Sözlüğe çekilmesi.

NEXUS biçimi verileri okurken
• bloklar işlenmiş ve karakter setleri ilgili CharacterDataMatrix ayrıştırılır olacak SETLERİ.
• Karakter setleri: Yeni CharacterDataMatrix nesneler olarak ihraç edilebilir ve / etc / kaydedilebilir manipüle edilebilir (örneğin, NEXUS dışında çözümlenen blokları SETLERİ gibi yukarıya bakınız). independentally.
• NEXUS veya Newick biçimlerinde yazarken, write_item_comments kelime argüman (Doğru veya Yanlış) ağaçlarda düğümler ile ilişkili genişletilmiş yorumlar yazılı ya da olacak mı kontrol edebilirsiniz.
• TopologyCounter sınıfı dendropy.treesum ekledi. topoloji frekanslarının izleme sağlar
• treesplits.tree_from_splits () bölünmeler bir dizi (topoloji okunur) ağaçların inşa verir.
• 'dendropy.treemanip' olarak kullanılan çoğu işlevselliği artık dendropy.Tree sınıfının yerli yöntemleri geçirilmiş. 'Dendropy.treemanip' kalktı edilecektir.
• Ağaçlar artık budanmış kaldırmak veya (daha önce, yöntemler sadece Takson nesnelerinin listelerini kabul ediyorum) tutmak için takson etiket listesinde dayalı olabilir.

nedir sürümü 3.7.1 Yeni

• Yeni Özellikler:
• 'Genel Örnekleme Yaklaşımı' Uygulanması (Hartman ve ark 2010:... Evrimsel Modeller örnekleme Ağaçlar; Syst Biol 49, 465-476). doğum-ölüm modeli ağaçların taklit yöntemi
• Değişiklikleri:

bazı olasılık fonksiyonları için
• Doğru / tutarlı isimler.
• Hata düzeltmeleri:
• SumTrees '-e' / kullanılırken çıktı dosyasının üzerine teyit Bug '- bölünmüş kenarları'. seçeneği

'taxa_block'
• Antik ve kır yarı fosilleşmiş bir referans 'taxon_set' düzeltilmelidir.

sürümünde 3.7.0 yeni nedir.

• BSD tarzı lisans göç

sürümünde 3.6.1 Yeni nedir:

• altında SumTrees şimdi (seri modda) çalışır eski Python sürümleri (yani & # x3c; 2.6).
• Python 2.4.x uyumluluk giderir.

sürümünde 3.5.0 yeni Nedir:

• Added ladderize () yöntemi, düğümleri sipariş Artan (varsayılan) veya azalan (ladderize (sağ = true)) sırası.
• Eklendi & quot; canavar-özet-tree & quot; şema şartname BEAST açıklamalı uzlaşma ağaçları işlemek için.
• NCBI veritabanları ile etkileşim için yeni bir modül eklendi. dendropy.interop.ncbi

sürüm 3.4 yeni nedir.:.

• Sarılmış ez_setup.py son sürüme güncellendi

Gereksinimleri

• Python 2.4 3.0