SSuMMo

.

SSuMMo takson dizileri atamak için HMMER kullanarak etrafında iteratif tasarlanmış fonksiyonlar & nbsp bir kütüphane, Sonuçlar bu topluluk içinde türler / cins dağılımını gösteren son derece açıklamalı ağaçlar.
Kaynak kodu ile birlikte Programlar araçları şunlardır: -
- Gizli Markov Modelleri hiyerarşik veritabanı oluşturun - dictify.py;
- Tanınan taksonomik isimleri dizileri tahsis - SSUMMO.py;
- Simpson, Shannon ve diğer yöntemlerdir rankAbundance.py kullanarak, biyolojik çeşitliliğin analiz;
- Kolayca veri setlerini çapraz karşılaştırmak için ayrı bir yeteneği cladograms gibi sonuçları görselleştirmek - comparative_results.py
- Phyloxml biçimine dönüştürmek sonuçları: dict_to_phyloxml.py;
- Inşa html gösterimi - dict_to_html.py.
- Arsa seyreltme eğrileri ve biyoçeşitlilik indeksleri ilgili hesaplamak
Python kaynak kodu google kodu, burada sağlanır. SMM'lerin önceden oluşturulmuş hiyerarşik veritabanı yanı sıra (her takson saflarına çıkarmak için kullanılır) optimize SQL veritabanı taksonomisi indirebilirsiniz: - http://bioltfws1.york.ac.uk/ssummo/Download/
Bilgi yüklemek için, README bakınız. Kullanım bilgileri için, bir wiki (yukarıda) olduğunu ve bir ön Kullanım Kılavuzu svn gövde eklenmiştir

Gereksinimler :.

• Python