STEME

STEME projesi gibi MEME gibi motif bulma kullanılan modelin türü için Beklenti-Maksimizasyon algoritmasına bir yaklaşım olarak hayatına başladı.
STEME & rsquo; ın EM yaklaşım büyüklükte bir sipariş daha çabuk tipik parametre ayarları için MEME uygulanmasını çalışır. STEME artık kendi başlarına tam teşekküllü motifi bulucu haline gelmiştir.
STEME kullanmak Neden?
Kanıtlanmış motif bulma teknikleri
STEME denenmiş-ve-MEME algoritması dayanmaktadır. MEME en olgun ve popüler motifi bulma biridir. . Bu Tompa ark üst yorumcularından biri & rsquo vardı; motifi bulma s kriter karşılaştırılması.
Büyük veri kümeleri için tasarlanmıştır
STEME tipik olarak, modern biyolojik deneyler tarafından oluşturulan büyük veri setlerinin Çeşidi kullanılmak üzere tasarlanmıştır. STEME megabases onlarca girdi test edilmiştir, fakat daha büyük veri kümeleri üzerinde kullanılmamalıdır hiçbir neden yoktur.
Hızlı
STEME hızlı. Tipik motifi bulucular girdi boyutu ile hızla büyüyen bir çalışma zamanı var. STEME & rsquo nedeniyle; ın eki ağaçların kullanımı bu sorunu zarar vermez. STEME kullanıcı onlar sonuçlarını beklemek hazırlanır ne kadar kontrol böylece zamanını kontrol seçenekleri sunar.
Esnek motifi modelleri
Birçok motif bulucular (özellikle hızlı enumerative motifi bulucular) bağlanma siteleri modelleri olarak konsensüs dizileri kullanın. Bu kullanım STEME ve PWM gibi motifler aynı aralığını yakalamak olamaz PWM gibi esnek değildir.
Kullanımı kolay
STEME MEME & rsquo çıkışı üretir; s iyi kurulmuş biçimi mansap araçları kullanmak kolay hale. STEME & rsquo; ın çıkış MEME, BioPython ve BioPerl gelen araçlar ile test edilmiştir.
Doğru önemi hesaplamaları
STEME & rsquo; ın önemi hesaplamaları akılda büyük veri setleri ile tasarlanmıştır. Büyük veri kümeleri için yazılmış değil Motif bulucular genellikle kötü buldukları motiflerin önemini miscalculate edebilirsiniz. Bu kullanıcı tanımlamak için özellikle sinsi bir sorun ve zor.
Bir web hizmeti olarak kullanılabilir
STEME makinenizde yerel monte edilebilir ya da bizim sunucularda web üzerinden çalıştırılabilir.
Paket Belgeler

Gereksinimler :

• Python