CodonW kodonu ve amino asit kullanımının çok değişkenli analizi (yazışma analizi) kolaylaştırmak için tasarlanmış bir programdır. Ayrıca kodon kullanımının standart endeksleri hesaplar. Bu menü ve komut satırı arayüzü hem de sahiptir.
CodonW projesi Paul Sharp, Genetik Bölümü, Nottingham Üniversitesi laboratuvarında John Peden tarafından yazılmıştır. John insan genetiği çalışıyor ve şu anda Oxford Üniversitesi'nde WTCHG at ProCardis veritabanı yöneticisi olarak istihdam edilmektedir.
Burada "CodonW" bazı temel özellikleri şunlardır:
· ANSI uyumlu Yazılı C
· Menü tahrik
· Komut satırı seçenekleri Geniş sayısı
· Genetik kod bağımsız
Üzerinde · Sınırsız
Dizilerin 1. Sayı
2. dizi uzunluğu
· Kodon kullanımı endeksleri hesaplar
1. CAI: kodon adaptasyon indeksi
2. Fop: optimal kodonlardan sıklığı
3. Nc: kodonların etkin sayısı
4. CBI: Codon Bias Endeksi
· Amino asit endeksleri hesaplar
1. GRAVY puanı
2. Aromatiklik
· Yazışma analizini hesaplar
1. Kodon Kullanımı
2. RSCU (Nispi ayn kodon kullanımı)
3. Amino asit kullanımı
· Uyum analizi
1. / include kodonları / amino asitler hariç tutabilirsiniz
2. eğilimleri ayrıntılı raporlar üretebilir
3. girişimleri otomatik olarak optimal kodonları belirlemek için
4. ek veri izin verebilirsiniz eklenecek setleri
5. eğilimleri herhangi bir sayıda kayıtları
· Gen parametrelerini hesaplar
1. Gen uzunluğu
2. GC, GC3s ve kodon pozisyonu özgü G + C
3. Dinükleotit kompozisyon (her üç kodon çerçevelerinde)
4. Amino asit kullanımı
5. nispi amino asit kullanımı
6. Kodon kullanımı
7. Bağıl eşanlamlı kodon kullanımı
· Can kavramsal protein dizileri çevirir
· Sekans verileri formatlar ve
· İnsan veya makine tarafından okunabilir çıktı
· (Koruyarak okuma çerçevesi iken) genleri bitiştirmek Can hesaplamak için
1. Genel kodon kullanımı
2. GC içeriği
3. Dinükleotit bileşimi
· Kodonunun tablolar, bir amino asit ya da RSCU kullanımı oluşturur
· Bile Genetik kod öğrenmek yardımcı olabilir.
· Ve daha
Yorum Bulunamadı