Hücre Elektrofizyoloji Simülasyon Ortamı (CESE) özel Örneğin, hesaplamalı elektrofizyolojik simülasyonları gerçekleştirmek için tasarlanmış kapsamlı bir çerçeve, kalp miyosit elektriksel aktivite simülasyonları.
Hücre Elektrofizyoloji Simülasyon çevre eylem potansiyelleri, tek tek iyonik akımları ve iyonik konsantrasyonlarda değişikliklerin simülasyonlar için yararlıdır.
CESE Java Runtime Environment (JRE) sürüm 1.4 veya üstü olan herhangi bir sistem üzerinde çalışan bir çapraz platform programdır. Windows, Linux, Solaris, MacOS X ve AIX üzerinde test edildi.
CESE kullanıcılar
CESE elektrofizyolojik modelleri çeşitli kullanarak hesaplama simülasyonlar gerçekleştirmek için bütünleştirilmiş bir ortamdır.
Bu aşamada CESE oluşturma ve (Hodgkin-Huxley (HH) ve Markov mevcut formülasyonlar hem de içeren) tek hücreli modelleri çalıştırılmasına izin verir. Kaynak kodu ile kalp miyositlerinin elektriksel aktivitenin modelleri CESE dağıtım dahildir. Biz mevcut modellerin sayısı genişletmek ve gelecekte bazı nöronal modeller eklemeyi umuyoruz.
CESE ana gücünü tekdüzelik & # 65533 olduğunu; Bir program arayüzü modellerinin farklı türleri için aynı kalır. Kolayca modelleri arasında geçiş ve simülasyon çıkışları karşılaştırın. Model parametreleri çıkışı için seçilmiş ve / veya benzer, standart bir şekilde sıkıştırılmış, modifiye edilebilir.
CESE "gerilim kelepçe" geleneksel elektrofizyolojik anlam uzanır. Sen sıkma komutları tek tek ilgi modeli değişken için belirlenen kompleks parça-bilge fonksiyonlar olabilir vs. gerilimi (membran potansiyeli) olmak üzere hemen tüm bir model değişkeni, toplam veya bireysel iyonik akımların, iyonik konsantrasyonları, sıcaklık, yolluk değişkenleri, kelepçe olabilir . Bu kompleks model, davranış keşif için sonsuz olanaklar açar.
CESE basit, ama etkili veri görselleştirme sağlar. Simülasyon sonuçları grafik ve tablo formlarda sunulabilir. Arsalar özelleştirilmiş ve ilgi bölgeleri uzaklaştırdınız edilebilir.
CESE bir veri analiz aracı olarak tasarlanmış değildi bile, akım-gerilim ilişkileri (I-Vs) oluşturmak ve program dahilinde verilen bir sinyal için istatistiksel parametreler hesaplayabilirsiniz. Sen ASCII veri verebilirsiniz, Akson Metin Dosyası (ATF), ve NetCDF biçimleri favori paket içinde analiz devam etmek.
CESE geliştiriciler
Java geliştiriciler için mevcut en iyi programlama uygulamaları, hem kullanıcı arayüzü tutarlılık ve kod açıklık ve yeniden açısından dahil etmek kadar CESE yerden oluşturuldu. Mümkün olan yerlerde, CESE kodu basitleştirmek için (örneğin Java2D, JavaBeans, JAXP için) mevcuttur Java API'leri güveniyor.
Model oluşturma house-keeping kodlanacak fonksiyonlar & # 65533 bir dizi gerektirir; Bu somut iyonik akım (ler) için kod yazma konsantre dolayısıyla CESE vb simülasyon sonuçlarının görüntülenmesi bu rutinleri uygulanması ile sağlar, model parametrelerini ele tasarruf / Model durumunu geri yüklemek için ODE entegratörleri, rutinleri içerir ve CESE gerisini idare edecektir.
CESE kendi & # 65533 üzerinde karmaşık programlama çerçeveleri oluşturmak için çalışıyoruz değildir; bunun yerine, çekirdek Java API'leri kullanır. Örneğin, modeller JavaBeans şartname uyan Java bileşenleridir. Biz sıkma komutları belirtmek için XML kullanır ve Java nesne seri hale kaydetmek / model parametrelerini geri yükleyin.
Bu Sürümdeki Yenilikler:
Yorum Bulunamadı