Genom boyu mRNA profil farklı koşullar altında hücrelerin küresel durumunun anlık görüntüsünü sağlar. Bununla birlikte, mRNA düzeyleri yukan düzenleyici mekanizmalardan doğrudan anlaşılması gerekmez. Expression2Kinases (X2K) genom gen ekspresyonunda gözlenen değişikliklerin olası sorumlu yukarı düzenleyicileri tanımlamak için yeni bir yaklaşımdır. ChIP seq / çip ve pozisyon ağırlık matrisleri (PWM) verileri, protein-protein etkileşimleri ve kinaz alt-tabaka fosforilasyon reaksiyonları entegre ederek X2K gen ifadesinde genom farklılıkları yukarı düzenleyici mekanizmaların tanımlamak için kullanılabilir. fikri ilk gen ekspresyonu farklılıklarını düzenleyen en olası transkripsiyon faktörlerini belirlemek için de, daha sonra, bu faktörlere merkezli transkripsiyonel düzenleyici alt ağları oluşturmak için ek proteinlerini kullanarak belirlenebilmektedir transkripsiyon faktörlerini bağlamak için protein-protein etkileşimleri kullanımı ve son olarak kinaz substrat kullanımı Protein fosforilasyon reaksiyonları tanımlamak ve büyük olasılıkla tespit transkripsiyonel komplekslerinin oluşumunu düzenleyen rütbe aday protein kinazlar için. X2K ayrıca zenginleştirme analizleri, gen listesi yapmak ve ters ya da gen ifadesi değişikliklerini kötüleştirebilir ilaçları tahmin araçlar içerir. . X2K yaklaşımı hücre sinyal anlayışımızı ilerletmek ve eylem uyuşturucu mekanizmaları çözülmeye olabilir
Gereksinimleri :
Java Runtime Environment 6.0
Yorum Bulunamadı