Jmol

Yazılım ekran görüntüsü:
Jmol
Yazılım detaylar:
Versiyon: 14.29.14 Güncelenir
Qayıt: 22 Jun 18
Lisans: Ücretsiz
Popülerlik: 211

Rating: 4.0/5 (Total Votes: 1)

Jmol , 3D kimyasal yapılar için moleküler görüntüleyici olarak davranacak şekilde tasarlanmış açık kaynaklı, çapraz platform ve ücretsiz bir grafik yazılımıdır. Bir HTML5 web uygulaması, bir Java programı, bir Java uygulaması ve bir "başsız" sunucu tarafı bileşeni olarak dört bağımsız modda çalışır.


Bir bakışta özellikler

Temel özellikler arasında herhangi bir yüksek kaliteli donanım gerektirmeden yüksek performanslı 3B oluşturma desteği, JPG, PNG, GIF, PDF, WRL, OBJ ve POV-Ray formatlarına dosya aktarımı, temel birim hücrelerini destekleme, RasMol ve Chime desteği JavaScript kütüphanesinin yanı sıra betik dilleri.

Ayrıca, yazılım animasyonları, yüzeyleri, titreşimleri, orbitalleri, ölçümleri, simetri ve birim hücre işlemlerini ve şematik şekilleri destekler.


Desteklenen dosya formatları

Şu anda, uygulama, MOL MDL, V3000 MDL, SDF MDL, CTFile MDL, CIF, mmCIF, CML, PDB, XYZ, XYZ + vib, XYZ-FAH'dan söz edebileceğimiz, çok çeşitli dosya formatlarını desteklemektedir. MOL2, CSF, GAMESS, Gauss, MM1GP, HIN HIN / HIV, MOLPRO ve MOPAC.

Ayrıca, CASTEP, FHI, VASP, ADF, XSD, AGL, DFT, AMPAC, WebMO, PSI3, CRYSTAL, MGF, NWCHEM, odydata, xodydata, QOUT, SHELX, SMOL, GRO, PQR ve JME de desteklenmektedir .

Tüm önemli web tarayıcılarını destekler

Yazılım, Mozilla Firefox, Google Chrome, Internet Explorer, Opera ve Safari gibi tüm önemli web tarayıcıları ile başarıyla test edilmiştir. Yukarıda belirtilen tarayıcı uygulamaları tüm ana işletim sistemlerinde test edilmiştir (işletim sistemlerini desteklemek için sonraki bölüme bakınız).


Tüm ana işletim sistemlerini destekler

Java programlama dilinde yazılan Jmol, tüm GNU / Linux dağıtımlarını, Microsoft Windows ve Mac OS X işletim sistemlerini ve Java Runtime Environment'ın kurulu olduğu başka bir işletim sistemini desteklemek için tasarlanmış platformdan bağımsız bir uygulamadır.

Bu sürümde yeni :

  • hata düzeltmesi: Jmol SMILES, ekleme kodu aramasına izin vermez - & quot; ^ & quot; ekleme kodu için: [G # 129 ^ A. *]

Sürümde yeni :

  • hata düzeltmesi: Jmol SMILES, ekleme kodu aramasına izin vermiyor - - & quot; ^ & quot; ekleme kodu için: [G # 129 ^ A. *]

14.20.3 sürümünde yeni :

  • hata düzeltmesi: Jmol SMILES, ekleme yapmaya izin vermiyor - kod araması - & quot; ^ & quot; ekleme kodu için: [G # 129 ^ A. *]

14.6.5 sürümündeki yeni :

  • hata düzeltmesi: Jmol SMILES, ekleme kodu aramasına izin vermez - & quot; ^ & quot; ekleme kodu için: [G # 129 ^ A. *]

14.6.1 sürümünde yeni :

  • hata düzeltmesi: Jmol SMILES, ekleme yapmaya izin vermiyor - kod araması - & quot; ^ & quot; ekleme kodu için: [G # 129 ^ A. *]

14.4.4 Sürüm 2016.04.22 sürümünde yeni: :

  • hata düzeltme: ek açıklama atomu setleri eklenen hidrojenler için ayarlanmamıştır
  • hata düzeltmesi: 14.3.3_2014.08.02 mmCIF okuyucu kırdı
  • hata düzeltmesi: 14.1.12_2014.03.18'de okunan BinaryDocument (Spartan dosyası) okunması

Sürüm 14.4.4 Sürüm 2016.04.14:

  • hata düzeltmesi: Açıklama grubu için nedir? eklenen hidrojenler için ayarlanmamıştır
  • hata düzeltmesi: 14.3.3_2014.08.02 mmCIF okuyucu kırdı
  • hata düzeltmesi: 14.1.12_2014.03.18'de okunan BinaryDocument (Spartan dosyası) okunması

14.4.4 Sürüm 2016.03.31 sürümünde yeni: :

  • hata düzeltme: ek açıklama atomu setleri eklenen hidrojenler için ayarlanmamıştır
  • hata düzeltmesi: 14.3.3_2014.08.02 mmCIF okuyucu kırdı
  • hata düzeltmesi: 14.1.12_2014.03.18'de okunan BinaryDocument (Spartan dosyası) okunması

14.4.3 Sürüm 2016.03.02 sürümüne göre yeni :

  • hata düzeltmesi: ek açıklama atomu setleri eklenen hidrojenler için ayarlanmamış
  • hata düzeltmesi: 14.3.3_2014.08.02 mmCIF okuyucu kırdı
  • hata düzeltmesi: 14.1.12_2014.03.18'de okunan BinaryDocument (Spartan dosyası) okunması

14.4.3 Sürüm 2016.02.28 sürümde yeni: :

  • hata düzeltme: ek açıklama atomu setleri eklenen hidrojenler için ayarlanmamıştır
  • hata düzeltmesi: 14.3.3_2014.08.02 mmCIF okuyucu kırdı
  • hata düzeltmesi: 14.1.12_2014.03.18'de okunan BinaryDocument (Spartan dosyası) okunması

14.4.2 Sürüm 2016.02.05 sürümde yeni: :

  • hata düzeltme: ek açıklama atomu setleri eklenen hidrojenler için ayarlanmamıştır
  • hata düzeltmesi: 14.3.3_2014.08.02 mmCIF okuyucu kırdı
  • hata düzeltmesi: 14.1.12_2014.03.18'de okunan BinaryDocument (Spartan dosyası) okunması

14.4.0 Sürüm 2015.12.02 sürümündeki yeni :

  • hata düzeltme: ek açıklama atomu setleri eklenen hidrojenler için ayarlanmamıştır
  • hata düzeltmesi: 14.3.3_2014.08.02 mmCIF okuyucu kırdı
  • hata düzeltmesi: 14.1.12_2014.03.18'de okunan BinaryDocument (Spartan dosyası) okunması

Sürüm 14.2.15'te yeni: :

  • hata düzeltmesi: ek açıklama atomu eklenmiş hidrojenler için ayarlanmadı
  • hata düzeltmesi: 14.3.3_2014.08.02 mmCIF okuyucu kırdı
  • hata düzeltmesi: 14.1.12_2014.03.18'de okunan BinaryDocument (Spartan dosyası) okunması

Sürüm 14.2.13'te yeni olan :

  • hata düzeltmesi: ek açıklama atomu setleri eklenmek üzere ayarlanmamış hidrojenleri
  • hata düzeltmesi: 14.3.3_2014.08.02 mmCIF okuyucu kırdı
  • hata düzeltmesi: 14.1.12_2014.03.18'de okunan BinaryDocument (Spartan dosyası) okunması

14.2.12 sürümündeki yeni :

  • hata düzeltmesi: ek açıklama atomu setleri eklenmek üzere ayarlanmamış hidrojenleri
  • hata düzeltmesi: 14.3.3_2014.08.02 mmCIF okuyucu kırdı
  • hata düzeltmesi: 14.1.12_2014.03.18'de okunan BinaryDocument (Spartan dosyası) okunması

  • 14.1.8 Beta sürümünde yeni: :

    • yeni özellik - set cartoonRibose:
    • riboz halkaları çizer, büzülme gösteren yüzler
    • C4'-C5'-O5'-P ile açıkça bağlanır
    • referans için C3'-O3'ü gösterir.
    • , cartoonBaseEdges'i (Leontis-Westhof Kenarları) devre dışı bırakır
    • SET by cartoonBaseEdges ON tarafından devre dışı bırakıldı
    • Rick Spinney, Ohio State tarafından önerilen
    • yeni özellik: anim frame [a, b, c, d] aralıklarını göstermek için negatif sayılarla çalışır:
    • anim çerçevesi [1, -5, 10, -6] -> [1,2,3,4,5,10,9,8,7,6]
    • & quot; 1 ile 5 arası ve 10'dan 6'ya kadar & quot;
    • olarak okuyun.
    • yeni özellik: Tinker dosya okuyucu (ve FoldingXYZ okuyucu yükseltme):
    • Tinker :: kullanabilir, ancak bu sadece ilk satırın JUST bir atomCount
    • olması durumunda gereklidir.
    • , atomCount için n-1 atomları ile eski Tinker biçimini barındırır
    • yörüngelere ve istenen model numarasına izin verir
    • yeni özellik: (aslında 13.1 fakat belgesiz) animasyon çerçevesi [51 50 49 48 47 46 45 (etc) 27 1 2 3 4 5 6 7 (etc) ....]
    • yeni özellik: x = karşılaştır ({atomset1}, {atomset2}, "MAP")
    • yeni özellik: x = karşılaştır ({atomset1}, {atomset2}, "MAP", & quot; all ")
    • yeni özellik: x = karşılaştır ({atomset1}, {atomset2}, "MAP", "en iyi")
    • yeni özellik: x = karşılaştır ({atomset1}, {atomset2}, "MAP", "H")
    • yeni özellik: x = karşılaştır ({atomset1}, {atomset2}, "MAP", "allH")
    • yeni özellik - x = karşılaştır ({atomset1}, {atomset2}, "MAP", "bestH"):
    • , aromatik olmayan SMILES'e dayalı bir veya daha fazla korelasyon listesi oluşturur
    • isteğe bağlı olarak H atomları içerir
    • isteğe bağlı olarak tüm olası atom eşlemelerini üretir
    • int döndürür [] [] = [[a1 b1], [a2 b2], [a3 b3], ...]
    • Burada bir ve bn tamsayı atomu indisleri veya "hepsi" olduğunda liste seçenek seçilir.
    • aşağıdakiler, hidrojen atomları dahil olmak üzere iki yapı için bir atom korelasyon haritası üretecektir: yükleme dosyaları "a.mol"; Ve quot; b.mol & quot; x = karşılaştır ({1.1} {2.1} & quot; MAP & quot; H & quot;)
    • aşağıdaki kafein modelini NCI'den PubChem'e kadar karşılaştırır:
    • $ kafein yükleyin; yük ekle: kafein; çerçeve *
    • 2.1'i seçin; % etiketi [atomIndex]
    • karşılaştır {1.1} {2.1} SMILES çeviriyi döndür
    • x = karşılaştır ({1.1}, {2.1}, "MAP" & quot; bestH & quot;)

    • (a ile x için) {a1 = a [1]; a2 = a [2]; seçin atomindex = a1; label @ a2}
    • yeni özellik: karşılaştır {model1} {model2} SMILES:
    • SMILES vermeye gerek yok; Jmol onu {model1}
    • 'den üretebilir
    • yeni özellik: x = {*}. bul (& quot; SMILES & quot ;, & quot; H & quot;):
    • açık H atomlarıyla SMILES oluşturur
    • hata düzeltmesi: SMARTLAR yerine SMILES kullanarak alt yapı () işlevi, dolayısıyla yalnızca tam yapılar;
    • hata düzeltmesi: SMILES ile ilgili yöntemlerde daha iyi hata yakalama ve iletileri
    • hata düzeltmesi: Jmol.jar ve jsmol.zip yolunun webexport keşfini daha sağlam hale getirin.
    • hata düzeltmesi: getProperty extractModel altkümeyi onurlandırmıyor
    • hata düzeltmesi: set pdbGetHeader TRUE, REMARK3 REMARK290 REMARK350 değerini yakalamaz
    • hata düzeltmesi: getProperty (& quot; JSON & quot;, ....), {value: ...}
    • değerine değer katmalı
    • hata düzeltmesi: 11.x'de kırılmış kalıcı bir translüsensi
    • hata düzeltme: gösterme MENÜ yazma MENÜ yük MENÜ tümü 12.2'de kırıldı
    • hata düzeltmesi: {*} [n] nAtoms
    • ise boş olmalıdır

    14.0.7 sürümünde yeni :

    • Hata düzeltmesi: 14.0.6 ölümcül şekilde etiketlendi - unitcell ve eko oluşturma, getProperty

    • 14.0.5 sürümündeki yeni :

      • Hata düzeltmesi: LCAOCartoon yarı saydamlığı bozuk
      • Hata düzeltmesi: yarı saydam omurga bozuk
      • Hata düzeltmesi: pqr, p2n okuyucular bozuk
      • Hata düzeltmesi: isosurface map özelliği xxx, yüzey (bir şekilde) altta yatan bir atomla ilişkili olmayan bir noktaya sahipse, başarısız olabilir.

      14.1.5 Beta sürümündeki yenilikler :

      • hata düzeltmesi: LCAOCartoon yarı saydamlığı bozuk
      • hata düzeltmesi: yarı saydam omurga bozuk
      • hata düzeltmesi: pqr, p2n okuyucular bozuk
      • hata düzeltmesi: isosurface map özelliği xxx, yüzey (bir şekilde) altta yatan bir atomla ilişkili olmayan bir noktaya sahipse, başarısız olabilir.

      14.0.4 sürümündeki yenilikler :

      • Hata düzeltmesi: roket kırıklığı
      • Hata düzeltmesi: PDB byChain, bySymop desteklenmiyor.

      14.0.2 sürümündeki yeni :

      • hata düzeltmesi: modülasyon, q ile t arasında ayrım yapmaz;
      • hata düzeltmesi: modüle edilmiş ölçümler çalışmıyor
      • hata düzeltmesi: set defaultLattice atlanmıyor {NaN NaN NaN} & quot;
      • hata düzeltmesi: izosurface haritası atomik orbital başarısız olur
      • hata düzeltmesi: Mesafeli modülasyonun titreşimsel ekranı güncellenmiyor
      • hata düzeltmesi: titreşim kapalı konsolda gereksiz uyarılara neden oluyor
      • hata düzeltmesi: bozuk symop çizmek
      • hata düzeltmesi: array.mul (matrix3f), Jmol'u çökertti
      • hata düzeltme: symop = 1555 kırık
      • 'ı seçin
      • hata düzeltmesi: set draging dragSelected not working
      • code: MMCifReader ve MSCifReader kodunu ayıran CifReader'ı yeniden yapılandırdı: SV'deki yöntemleri yeniden adlandırma / yeniden sıralama
      • code: javajs.api.JSONEncodable arayüzü ekler
      • org.jmol.script.SV içinde süper basit bir uygulama
      • javajs uygulamalarının özel JSON sonuçları sağlamalarına izin verir

      14.1.2 Beta sürümünde yeni: :

      • yeni özellik: JavaScript: JSmol api Jmol.evaluateVar (uygulama, ifade):
      • Jmol.evaluate'den daha iyi sonuç çünkü sonuç bir değişken değil, bir JavaScript değişkeni.
      • JSmol api Jmol.evaluate (uygulama, ifade) DEPRECATING
      • yeni özellik: getProperty (& quot; JSON & quot ;, ....):
      • mülk için JSON kodunu döndürüyor
      • JavaScript’e izin verir: x = Jmol.getPropertyAsArray (& quot; variableInfo & quot; bazı ifade & quot;)
      • yeni özellik: getProperty variableInfo:
      • , Java veya JSON biçimindeki değişkenlerin alınmasına izin verir
      • ifadeyi değerlendirir
      • varsayılan olarak & quot; all & quot;
      • yeni özellik: q ve t ile ayarlanabilir modülasyon, d = 3'e kadar:
      • modülasyon açık / kapalı (tüm atomlar)
      • modülasyon {atom set} açık / kapalı
      • modülasyon int q-ofseti
      • modülasyon x.x t-ofseti
      • modülasyon {t1 t2 t3}
      • modülasyon {q1 q2 q3} TRUE
      • yeni özellik: pickedList:
      • kısa süre önce seçili atomların dizisi sipariş edildi
      • PICKED değişkeniyle aynı şekilde kullanılabilir, ancak bu sıralı olarak değil, geçici olarak sipariş edilir
      • yapının iki kez tıklanması listeyi temizler
      • @ {pickedList} [0] son ​​çekilen atom
      • @ {pickedList} [- 1] en son seçili atom
      • @ {pickedList} [- 1] [0] son ​​iki çekilen atom
      • yeni özellik: array.pop (), array.push () - JavaScript’e benzer
      • yeni özellik: modülasyon ölçeği x.x
      • yeni özellik: altyazı "xxxxx & quot; x.x - çalıştırılacak saniye sayısı
      • yeni özellik: modülasyon 0.2 // t değerini ayarlar
      • yeni özellik: array.pop (), array.push (x)
      • a = []; a.push (& quot; test & quot;); yazdır a.pop ()
      • yeni özellik: AÇMA / KAPAMA atom setini seçin:
      • , seçim hacminin yanı sıra seçim halosunu açar veya kapatır
      • yalnızca kolaylık
      • yeni özellik: pt1.mul3 (pt2):
      • , {pt1.x * pt2.x, pt1.y * pt2.y, pt1.z * pt2.z} 'i döndürür
      • her ikisi de puan değilse, basit çarpmalara geri döner
      • new reature: array.mul3 (pt2) - mul3'ü dizinin tüm öğelerine uygular
      • yeni özellik: {atomset} .modulation (type, t):
      • P3 (yer değiştirme modulasyonu) iletir
      • yalnızca "=" D & quot; (Isteğe bağlı)
      • isteğe bağlı t, varsayılan olarak 0'dır
      • hata düzeltmesi: modülasyon, q ile t arasında ayrım yapmaz;
      • hata düzeltmesi: modüle edilmiş ölçümler çalışmıyor
      • hata düzeltmesi: set defaultLattice atlanmıyor {NaN NaN NaN} & quot;
      • hata düzeltmesi: izosurface haritası atomik orbital hatası
      • hata düzeltmesi: Mesafeli modülasyonun titreşimsel ekranı güncellenmiyor
      • hata düzeltmesi: titreşim kapalı konsolda gereksiz uyarılara neden oluyor
      • hata düzeltmesi: bozuk symop çizmek
      • hata düzeltmesi: array.mul (matrix3f), Jmol'u çökertti
      • hata düzeltmesi: symop = 1555 bozuk hata düzeltmesi seç: toplama çekme sürgüsüSeçilmemiş çalışmıyor
      • code: MMCifReader ve MSCifReader'ı ayırarak CifReader'ı yeniden oluşturdunuz
      • kod: SV'de küçük yöntemlerin yeniden adlandırılması / yeniden kodlanması
      • code: javajs.api.JSONEncodable arayüzü ekler:
      • org.jmol.script.SV içinde süper basit bir uygulama
      • javajs uygulamalarının özel JSON sonuçları sağlamalarına izin verir

      14.0.1 sürümündeki yeni :

      • yeni özellik: Jmol._j2sLoadMonitorOpacity (varsayılan 55)
      • yeni özellik: baskı yükündeki ("xxx") olduğu gibi load () işlevi, uygulamada sınırlı yerel dosya okuması:
      • kök dizin dosyası yok
      • uzantısız dosya yok
      • herhangi bir dosya yok & quot; /.& quot; yolda
      • yeni özellik: JAR dosyaları güvenli bir şekilde imzalandı
      • yeni özellik: applet JAR dosyaları, yerel dosya yüklemesi için JNLP'leri (Java Ağ Lansman Protokolleri) içerir
      • yeni özellik: JSmol URL seçenekleri _USE = _JAR = _J2S = Bilgi verileri için geçersiz kılmalar
      • yeni özellik: (mevcut fakat belgesiz) print quaternion ([quaternions dizisi]) - bir la Buss ve Fillmore anlamına gelen küresel ortalama döndürür
      • yeni özellik: print quaternion ([quaternions dizisi], true):
      • küresel bir a la Buss ve Fillmore için standart sapmayı döndürür
      • birimler açısal derecedir
      • yeni özellik - adlandırılmış quaternion modül değeri:
      • baskı dörtlüsü (% 1,0,0)% "matris"
      • seçenekler w x y z normal eulerzxz eulerzyz vektörünü içerir theta axisx axisy axisz axisangle matrix
      • ew özelliği - set celShadingPower:
      • cel gölgelemenin gücünü ayarlar
      • tamsayı değerleri
      • varsayılan 10 kalın bir satırdır
      • 5 ince bir çizgi
      • 0, cel gölgelemeyi kapatır
      • negatif değer, iç gölgelendirmeyi kaldırır - yalnızca anahatlar
      • normalden ışık kaynağına (güç> 0) veya kullanıcıya (gç <0) bağlı olarak pikselde çalışır
      • , normal_z & lt; 1 - 2 ^ - (| celShadingPower | / 10)
      • yeni özellik: mmCIF, Jmol komut dosyası konsolunda _citation.title raporlarını okuyor
      • yeni özellik: SELECT {atomset} SADECE SELECT - SADECE seçenek tüm diğer atomları hariç tutar
      • yeni özellik: {atomset} - örtük SELECT ve SADECE
      • minimize et
      • yeni özellik - & quot; uzantılar & quot; JS ve SPT komut dosyaları için JSmol dizinleri:
      • jsmol / js / ext
      • jsmol / spt / ext
      • yeni özellik: yükle ... filtre "ADDHYDROGENS" - Sadece bir yük komutu için yerel set pdbAddHydrogens
      • yeni özellik: karşılaştır {1.1} {2.1} BONDS SMILES
      • yeni özellik: list = karşılaştır ({atomset1} {atomset2} "SMILES" & quot; BONDS & quot;)
      • yeni özellik: JSON xxx.json yazın
      • yeni özellik: [# 210] JSON {"mol": ...} okuyucu
      • ew özelliği - set particleRadius:
      • atomların maksimum yarıçap değeri üzerindeki küresel yarıçapı (16.0)
      • varsayılan değer 20.0
      • yeni özellik - CIF ve PDB filtreleri & quot; BYCHAIN ​​& quot; ve & quot; BYSYMOP & quot; virüs parçacıkları için:
      • zincir başına veya symop başına yalnızca bir atom oluşturur
      • boyut, aşağıdakileri kullanarak en fazla 16 Angstrom'dan daha büyük ölçeklenebilir:
      • particleRadius 30'u ayarlayın;
      • spacefill 30; // burada 16'dan büyük herhangi bir sayı, particleRadius yerine
      • kullanır
      • yeni özellik: list = karşılaştır ({atomset1} {atomset2} SmartsString "BONDS")
      • yeni özellik: symop () işlevi, PDB ve mmCIF için biyomolekül filtresinden simetriye izin verir
      • yeni özellik - isosurface SYMMETRY:
      • simetri operatörlerini isosurface'e uygular
      • daha verimli oluşturma ve oluşturma
      • varsayılan seçim sadece {symop = 1} şeklindedir
      • varsayılan renklendirme, colorColorScheme tabanlı symop ile renklendirilir
      • örnek:
      • 1.p filtresini yükle "biomolekül 1"
      • color özelliği symop
      • isosurface sa çözünürlüğü 0.8 simetri sasurface 0
      • yeni özellik - yeni atom özelliği: chainNo:
      • her model için sırayla 1'den;
      • chainNo == 0, "zincir yok" anlamına gelir. veya zincir = ''
      • yeni özellik - yeni özellikColorScheme & quot; arkadaş canlısı & quot;:
      • renk körlüğü dostu renk düzeni
      • RCSD'de kullanıldı
      • yeni özellik: JSpecView tamamen ücretsiz Java; spektrumların 2B nmr ve PDF baskısını içerir
      • yeni özellik - WRITE PDF "xxx.pdf" kalite & gt; 1 istek manzara modu:
      • verimli özel PDF oluşturma sınıfları kullanır
      • , çok büyükse sığacak şekilde boyutlandırır
      • yeni özellik: JSpecView, JavaScript için PDF ve 2D NMR ekler
      • yeni özellik: load & quot; == xxx & quot; FİLTRE "NOIDEAL"; - "nonideal" kullanılarak PDB'den kimyasal bileşen yükü koordinat seti
      • hata düzeltme: CD yazma; ChemDoodle formatlarını değiştirdi; yerine JSON kullan
      • hata düzeltmesi: PDB ve CIF dosyaları PAU gibi büyük negatif sayı olarak
      • gibi meclisleri gösterir
      • hata düzeltmesi: Rotasyon olmadan COMPARE sonsuz döngü başlatır
      • hata düzeltmesi: gecikme ile döngü sorunu (-1)
      • hata düzeltme: JavaScript’te Chrome için fare tekerleği
      • hata düzeltmesi: Dil değişiklikleri için JavaScript açılır menüsü düzelt
      • hata düzeltmesi: JavaScript çekirdeği bileşenleri işlenmiyor; Jmol._debugCode tanınmadı
      • hata düzeltmesi: biomoleküller için hatalı bir şekilde unitcell ofseti; eksenler için yanlış.
      • hata düzeltmesi: isosurface / mo FRONTONLY broken
      • hata düzeltmesi: JavaScript’te dil yerelleştirmesi
      • hata düzeltmesi: ADF okuyucu, DIRAC Build 201304052106'dan MO çıktısını okumadı
      • hata düzeltmesi: Safari, uygulamayı kabul etmesini istemek yerine sarı renkli Jmol bilgilerini bildirir
      • - etiketin olması gerekiyordu
      • hata düzeltmesi: CIF okuyucu, _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id dosyasını düzgün kullanmıyor
      • - load = 3fsx.cif filtresi için "set 1" & quot;
      • için yanlış atom seti
      • hata düzeltmesi: [# 558 ChemDoodle ile uyumluluk sorunu] Number.toString () tanımındaki JSmol hatası
      • hata düzeltmesi: fare tekerleği düzgün çalışmıyor
      • hata düzeltmesi: JavaScript J2S derleyici hatası int + = tamsayıya dönüşmez
      • hata düzeltmesi: JavaScript WEBGL seçeneği bozuk
      • hata düzeltmesi: JavaScript NMRCalculation kaynaklara erişmiyor
      • hata düzeltmesi: JavaScript stereo uygulanmadı
      • hata düzeltmesi: Birden çok model dosyası için MOL okuyucu düzeltmesi (yalnızca 13.3.9_dev)
      • hata düzeltmesi: APPEND ile MOL okuyucu hatası - devam ediyor atom numaraları
      • hata düzeltmesi: CIF modülasyon okuyucu, hücre dalga vektörlerinin doğrusal kombinasyonlarını okumaz
      • hata düzeltmesi: CIF filtresi "BIOMOLECULE 1" ile okuma; sadece kimlik işlemi başarısız olursa başarısız olur
      • hata düzeltmesi: mmCIF okuyucu okunmuyor _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression options
      • hata düzeltme: PDB CRYST girişi 1.0 1.0 1.0 90 90 90, "birim hücre yok" anlamına gelmelidir. biyomolekül filtresinden bağımsız olarak
      • hata düzeltmesi: HEM
      • gibi düz moleküller için iyi uyum sağlamayan izosurface slab
      • hata düzeltme: print userfunc () başarısız olabilir (userfunc () kendi başına iyidir)
      • hata düzeltmesi: içinde (sarmal) yalnızca C-alfa polimerleri için uygulanmadı
      • hata düzeltmesi: _modelTitle, yeni bir dosya yüklendiğinde veya zapped olduğunda güncellenmiyor
      • hata düzeltmesi: {*} .Symop.all, simetri operatörünü uygun şekilde teslim etmiyor
      • hata düzeltmesi: URL'lerde SMILES'te üçlü bağ için
      • hata düzeltmesi: build.xml PDF oluşturma sınıfları eksik
      • hata düzeltmesi: Java güncellemesinin ardından, yerel imzalı uygulama için uygun yol denetimi ekleniyor
      • hata düzeltmesi: {xxx} .property_xx durumu kaydedilmedi (bozuk 8/7/2013 rev 18518)
      • hata düzeltmesi: İmzalı ve imzasız uygulama JAR dosyaları için güncellenen bildirimler
      • hata düzeltmesi: yazma başarısız
      • hata düzeltmesi: applet scriptWait () yöntemi bozuk
      • hata düzeltmesi: PyMOL oturumu kaydedilen durumdan okuduktan sonra birim hücresini gösterebilir
      • hata düzeltmesi: MMCIF okuyucu çoklu montaj türleri için başarısız oluyor
      • hata düzeltmesi: CIF okuyucu "biyomolekül 1". "moleküler" e tercüme etmek; & quot; derleme & quot; yerine
      • hata düzeltmesi: çalışmayan birden çok dosya ile yükleme yolu
      • hata düzeltmesi: JS applet açılır menüsü, dil değişikliğine uygun şekilde kapanmıyor
      • hata düzeltmesi: HTML onay kutusu kimliği özelliği atanmadı
      • kod: applet / appletjs kodunun yeniden düzenlenmesi; org.jmol.util.GenericApplet
      • kod: arabelleğe alınmış okuyucular ve tamponlanmış giriş akışlarının sadeleştirilmesi, sadeleştirilmesi.
      • kod: JavaScript'i yeniden oluşturuyor, daha iyi oluşturuyorsunuz _... xml
      • kod: JavaScript Tamsayı, Uzun, Kısa, Bayt, Kayan, Çift çalışılan tüm
      • kod: GT'nin anlamsızlığı
      • kod: Gereksiz tüm iç sınıfları en üst seviyeye geri yüklendi
      • code: yalıtılmış kullanımlar / api / JmolModulationSet kullanarak ModulationSet
      • kod - Tüm uygulama dili yerelleştirmesi düz .po dosyalarından okunur:
      • zaten JavaScript’in için
      • Sınıf dosyalarını uygulama dilleri için derlemenize gerek yok
      • dil .jar dosyası yok
      • yeni jsmol / idioma dizini, hem Java hem de HTML5 için .po dosyalarını barındırıyor
      • code: örtülü "frontonly" ekleyerek daha hızlı isosurface rendering select {xxx} ile SADECE
      • kod: örtülü "isosurfacepropertySmoothing FALSE" ile daha hızlı izosurface oluşturma ilgili (tamsayı) durumlarda
      • code: JmolBinary.getBufferedReaderForResource () - URL.getContent () ve Class.getResource ()
      • ile ilgili tüm referansları birleştirir
      • code: JavaScript, değişken ad yeniden atama ile iç sınıf problemi için işe yarar
      • code: JavaScript'te çalışmayan eval (workName) çalışması.
      • kod: ortam tıkanıklığı ile deneme
      • kod: Java Ju51 için gerekli olan bildirimler (Ocak 2014).
      • kod: JmolOutputChannel, javajs.util.OutputChannel 'e taşındı
      • kod: jsmol.php & quot; saveFile yönteminde
      • kod: Ayrıştırıcıyı javajs.util içine geri yükleme
      • kod: DSSP, org.jmol.dssx öğesine taşındı ve JSmol biyo yükünü 20 K azalttı
      • kod: iText paketi, kendi PDF oluşturucumu yazdığım için artık nec, jettisoned

      Gereksinimler :

      • Oracle Java Standard Edition Çalışma Zamanı Ortamı

Benzer yazılım

NEO
NEO

15 Apr 15

bein
bein

12 May 15

picme
picme

11 May 15

Yorumlar Jmol

Yorum Bulunamadı
Yorum eklemek
Görüntülerde açın!