Malign

Malign uygulanan çoklu hizalama prosedürleri minimum uzunluk cladograms aramak için kullanılan yakın paralellikler vardır. mantık ve program komutları gibi Hennig86, NONA ve PAUP gibi programlar aşina olanlar için açık olacaktır. Hizalama topolojileri farklı dizilerin aracılığıyla inşa ve şube takas yoluyla geliştirilir. Her bir hizalama topolojisi çoklu hizalama verir ve cladograms Dizilimin inşa edilir. En cimri cladogram maliyeti daha sonra çoklu hizalama maliyeti olarak atanır.