NeuronVisio

NeuronVisio yeni Python NEURON arabirimini kullanarak nöron ile bağlanır.
Kurulum:
NeuronVisio yüklemek için aşağıdaki bağımlılıkları karşılamak gerekir
& Nbsp; * pygtk
& Nbsp; * Görsel
& Nbsp; * matplotlib
Kolay Kurulum
Eğer setuptools yüklü varsa neuronvisio almak için en kolay yoludur:
easy_install neuronvisio
Setuptools olmadan, hala oldukça kolay. O ve çalışma Tar, neuronvisio en Cheeseshop sayfasından neuronvisio.tgz dosyasını indirin:
piton setup.py install
Belgeler
dokümantasyon doc klasörü veya çevrimiçi kullanılabilir.
Hızlı Başlangıç ​​
Bu kod nrnvisio modülü kullanmak nasıl bir fikir vermek için sadece geçerli:
1. Yangın yukarı PyLab anahtarı ile bir ipython konsolu .:
& Nbsp; anahtarı kullanmak istemiyorsanız ipython -pylab # herhangi bir grafik görmezsiniz.
2. modülü içe:
& Nbsp; neuronvisio.controls Kontroller ithal gelen
& Nbsp; kontrolleri = Kontroller ()
Nrnvisio başlatıldığında parçacığı başlatıldı. Bu Konuya nrnvisio tüm süreci konsolu engelleme olmadan olur.
Hızlı Aşağıdaki örnek kod olarak:
& Nbsp; 1. Soma adı verilen tek bir bölüm oluşturur
& Nbsp; 2. Bir Hodgkey-Huxley kanalı ve pasif iletkenliği takın
& Nbsp; 3. Bir Stimul sağlamak için bir alphaSynapse yerleştirin.
Hızlı bir örnek şu olabilir ::
nrnvisio.controls ithalat Controls
kontroller = Kontroller () # GUI Başlangıç
nöron ithalat h # gelen HocInterpreter alma
soma = h.Section () # bir bölüm oluşturma
soma.insert (hh ') # bir HH kanal ekleme
pasif iletkenlik sokulması soma.insert ('pas') #
syn = h.AlphaSynapse (0.5, sn = soma) # sinaptik girişi
syn.onset = 0.5 # yangın için
sinaps syn.gmax = 0.05 # iletkenlik
syn.e = 0 # ters potansiyeli
Daha karmaşık model ile Neuronvisio nasıl kullanılacağını örnek dizin gösterisinde fazla örneği

Özellikler :.

model

• 3D görselleştirme olasılık ile bu çalışma zamanı değiştirmek için
• vektörlerin oluşturulması bölümünde bulunan herhangi değişkenleri kaydetmek için
• PyLab entegrasyonu doğrudan simülasyon
sonucunu çizmek için
• renk kodlu ölçeği kullanarak zaman içinde herhangi bir değişkenin timecourse irdelenmesi

Bu konsol kullanmak mümkündür yüzden
• GUI kendi iş parçacığı çalışır (kuvvetle önerilen ipython)

Gereksinimler :

• Python