Open Babel

Açık Babil açık kaynak kodlu, özellikle kimyasal veri birçok dil tanımak için tasarlanmış bir araç kutusu kimyasal olarak hareket için tasarlanmıştır işbirlikçi, ücretsiz ve multiplatform kütüphane yazılımıdır. Bu sadece adlandırılan & ldquo olduğu, Açık Kimya Toolkit & rdquo;. Bir glanceWith Açık Babil Özellikler, kullanıcılar, arama, analiz dönüştürmek mümkün, ve kimya, moleküler modelleme, biyokimya, yanı sıra diğer ilgili alanlarda veri depolamak olacaktır. Bu Mol2, SDF / MOL, PDB, XYZ, SMILES ve KML dahil olmak üzere ortak kimyasal dosya formatları, geniş bir yelpazede destekler.
Buna ek olarak, Open Babel, tam özellikli bir programcı araç, kimyasal MIME desteği sağlar eşleyici, esnek atom / bono Typer, hidrojen silme ve ek, bitvector sınıf, matris ve vektör dönüşümleri, yanı sıra bir moleküler test suite.Under olarak kaputu ve SMARTS Desteklenen işletim systemsOpen Babel C ++ programlama dilinde tamamen yazılmıştır. Bu & rsquo; GNU / Linux, BSD, Solaris, SGI, Microsoft Windows ve Mac OS X işletim sistemlerini destekler sa gerçek çapraz platform yazılım. Her ikisi de 32-bit ve 64-bit bilgisayarların resmen this.Getting tüm Açık BabelFirst ile başlayan yazma sırasında desteklenen, şiddetle varsayılan yazılım depolarından önceden yapılmış ikili paketleri kullanarak açın Babel kurmanızı tavsiye sizin Linux dağıtımı. GNU / Linux sistemi & rsquo etmiyor ise; Softoware sağlanan arşivi evrensel kaynaklarını kullanarak uygulamayı derlemek ve kurulum gerekecek t sonra & rsquo, kendi repo Open Babel yazılım var.
, Arşivini (tar.gz arşivi) indirin seçtiğiniz bir yere ayıklayın, bir terminal emülatörü açın, ekstre klasöre gidin ve & ldquo yürütmek;. Cmake & rdquo; (tırnak işaretleri olmadan) komutunu projesini yapılandırmak için. Sonra & ldquo çalıştırmanız gerekir; yapmak & rdquo; komutu, tırnak işaretleri olmadan, tabii, bunu derlemek için. .

: o önce yukarıdaki talimatlara işletim sisteminizde yüklü olarak CMake aracı

Bu sürümde Yeni nedir emin olun

• Bu sürüm büyük bir hata düzeltme-salınımını temsil ve güçlü Açık Babil tüm kullanıcılar için önerilir istikrarlı bir yükseltme, olmalıdır. Birçok böcek ve geliştirmeler 2.3.0 sürümünden bu yana geçen yıl eklenmiştir.

nedir sürüm 2.2.2 Yeni:

• Bu sürüm büyük bir hata düzeltme sürümü temsil ve güçlü Açık Babil tüm kullanıcılar için önerilir istikrarlı bir gelişme olduğunu. Birçok yeni özellik, birçok çöker ve diğer böcek var olmayabilir 2.2.1 beri sabit olmuştur.
• standardize InChl ve InChIKey çıktı üretmek için yeni InChl 1.02 sürümüne yükseltti.
• Smiles / yazma okurken birçok sterokimyası hataları düzeltildi. Bu 2.3 sürümünde bitmiş olacak daha büyük bir projenin parçası.

Cygwin ve MinGW platformlarında
• Sabit derleme ve kurulum.
• Önemli ölçüde geliştirilmiş aromatiklik ve Kekule bağ atama.
• Geliştirilmiş 2D - & gt; Nesil koordine 3D
• --gen3d komut satırı işlemi kullanarak nesil koordinat Geliştirilmiş

Nesil koordinat
• Geliştirilmiş performans.

Babel
• Yeni --fillUC komut satırı işlemi.

PH-bağımlı hidrojen ek düzeltmeler
• .
• Molden, Molpro ve NWChem çıktı dosyalarını titreşim verileri okumak için destek eklendi.
• son teorik hesaplamalardan Güncelleme atom yarıçapları.
• Sabit hata olduğunda gzip-sıkıştırılmış Mol2 veya XML dosyalarını okuma.

Bir hata sonrasında
• Yakın dosyaları. Dosyaları açık kalacak Pybel bir hatayı düzeltir.
• Daha pek çok hata düzeltmeleri ve küçük özellik geliştirmeleri. == Yeni Dosya Biçimleri == Import & Export:
• Molpro giriş ve çıkış.
• VASP koordinat dosyaları (CONTCAR ve POSCAR).

nedir sürüm 2.2.1 Yeni:

• Python 3 desteği de dahil olmak üzere Geliştirilmiş betik arayüzleri ve gelişmiş Java ve C # destek.
• MACCS parmak izi için destek eklendi. RDKit proje sayesinde.

Kuvvet alan kodu
• Birçok düzeltmeleri ve geliştirmeleri. Özellikle, UFF güç alanı uygulaması çok daha fazla molekülü ele gerekir.
• 3D, özellikle halka parçaları ile, nesil koordine Geliştirilmiş. Bu obgen programı ile bir deneyin verebilir.
• atom türleri ile PDB ithalat hataları çeşitli düzeltildi.

PQR dosya formatları ücretleri ve yarıçapı okumak için
• desteği eklendi.
• PDB biçimlerde okuma ve yazma birimi hücreleri için destek eklendi.
• Yeni & quot; çıkış & quot; jenerik & quot ayırdığınız için dosya biçimi; .out & quot ;, & quot; & quot ;, .log ve & quot; .dat & quot; dosya ve içeriğine göre uygun dosya türüyle okuma. Şu anda kuantum kimyası paketleri son derece iyi çalışıyor.
• gelişmiş hata işleme ve dosya formatları yüklemek için zaman mümkün raporlama eklendi.
• Geliştirilmiş CIF dosya formatı desteği.
• Çok, çok, pek çok ek hata düzeltmeleri ve küçük iyileştirmeler.