relax

dinlenmek organik molekülleri, RNA, proteinler, şekerler, DNA ve diğer birçok biyomoleküllerin destekleyen deneysel NMR verileri analiz ederek moleküler dinamik eğitim için tasarlanmış bir açık kaynak kodlu ve serbestçe dağıtılan yazılım projesidir.

dinlenmek, birkaç NMR teorileri destekleyen modüler bileşenler gibi çeşitli veri analizi araçları uygular, ve böyle Dasha ve Modelfree gibi başka programlarda ile arayüzü yapabilirsiniz. Ayrıca, diğer programlar ile etkileşim yanı sıra, NMR teorileri geniş bir yelpazede destekler çeşitli veri analizi araçları içermektedir, kullanıcıların verilerini görüntülemenizi sağlar.

uygulama CLI (komut satırı arayüzü) ve GUI (Grafik Kullanıcı Arayüzü) ön uç, çeşitli üçüncü taraf grafik kullanıcı arayüzü (GUI) ile birlikte gelir gerçeğine rağmen dinlenmek için vardır.

analiz desteklenen tipleri arasında, gevşeme dağılımını, birden çok alanda NMR tutarlılık testi (Nükleer Manyetik Rezonans) gevşeme verileri, N-devlet modeli ve çerçeve düzeni, model serbest analiz, R1 ve R2, NOE, RSDM işleyebilir rahatlamak stereokimya soruşturma yanı sıra, (Spektral Yoğunluk Mapping azalır).

veri analizi sürecini otomatikleştirmek için, yapı taşları kullanılarak çok karmaşık komut dosyaları oluşturmak mümkündür. Bunun için, geliştiriciler komut dosyası inşaat anlamak için yardımcı olacaktır ve daha kolay kendi oluşturmak için çeşitli örnek komut sağlar.

başlık altında baktığımızda, programın Python programlama dili tamamen yazılmış ve Linux, Microsoft Windows ve Mac OS X üzerinde çalışan anlamına gelen grafik kullanıcı arayüzü, çapraz platform Qt GUI kullanır olduğunu fark edebilirsiniz işletim sistemleri.

Uygulama hem 32-bit (x86) ve 64-bit (x86_64) komut seti mimarileri, yanı sıra kaynak arşivini destekleyen birçok GNU / Linux işletim sistemleri için ikili arşivler gibi yüklenebilir.

Bu sürümdeki yeni Nedir:

• Özellikler:

dinlenmek Kılavuzun HTML versiyonu derleme
• Birçok yenilik.
• Numpy & ge tüm FutureWarnings ortadan kaldırmak için dinlenmek Güncelleme; 1.9, gelecek geçirmez yaklaşan numpy davranış değişikliklerine karşı rahatla.
• relax_disp.r2eff_read kullanıcı fonksiyonu ile çoğaltılmış R2, eff veri noktalarını ele yeteneği, ancak çoğaltılmış nokta için frekans değerine 0.001 sözlerine ekledi.
• model ücretsiz sonuçlar dosyası yüklenirken ve dinlenme veri-hesaplanması geri için yeni bir örnek komut dosyası.
• PDB yapısal verilerin taşınması için geliştirmeler.
• yapıların bir topluluk temel bileşen analizleri (PCA) gerçekleştirmek için structure.pca kullanıcı fonksiyonunun uygulanması.
• Google Cloud Computing altyapısında hızlı dağıtım için bir komut dosyası eklenmesi.
• Değişiklikleri:
• kılavuzda rijit çerçeve sipariş modeli 2 derece çerçeve sipariş matrisin Fix. Yanlış sembol kullanılmakta.
• LaTeX manuel newparagraph ve newsubparagraph tanımları kaldırıldı. Bunlar derlenmiş olmaktan kılavuzun HTML sürümünü önlenmesi, latex2html ile çakışmaya sebep bulundu. Bu tanımlar kılavuzda kesit mevcut set up gereksizdir.
• kılavuzun yeni bir çerçeve modelleri bölümde kısa başlıklar Modifiye. runik A> Z karakteri 'Daeg' basitçe yerini almıştır. Bu derlenmiş olan HTML kılavuzu engeller latex2html uyumsuzluklar kaynaklanmaktadır.
• LaTeX manuel önsözünde bir sabit genişlikli tablo sütun tanımının çıkarılması. tanım sonları uyumluluk latex2html olarak bu temelde randomize edilecek HTML görüntüler elde figür numaralandırma bir bozulmasına neden gereklidir.
• HTML kılavuzu sağlamak için aksan paketinin çıkarılması derlenecek. En kolay düzeltme paketi ortadan kaldırmak için, bu nedenle vurgular Latex paketi latex2html ile uyumlu değildir.
• Manuel çerçeve sipariş matris elemanı latex2html uyumluluk için manuel rakamlar, EPS döndürülmüş. '90 Döndür 'komutu silindi ve sınırlayıcı kutu a b c d olarak permuted - & gt; b -c d -a. latex2html bu tanımıyor gibi bu includegraphics açı argümanı {} komutu kesilmesine izin verir. Bu rakamlar Kılavuzun HTML versiyonu görünür olmasını sağlar.
• latex2html uyumluluk için kılavuzda çerçeve düzen parametresi yuvalama tablosunun yeniden tasarlayın. tablo kullanılmasa bile, latex2html için ölümcüldür TikZ paketi kullanır. Bu nedenle docs / lateks / frame_order / parameter_nesting.tex dosyasında tablo TikZ biçimlendirilmiş tablo kırpılmış bir postscript sürümünü oluşturmak için bağımsız bir LaTeX belgeye dönüştürüldü. Bir derleme komut yanı sıra eklenmiştir. Elde edilen * .ps dosya şimdi ADET sayısal entegrasyon bölümünde, yerine TikZ tablo oluşturma, bu bölüme dahildir. Tüm TikZ giriş bölümü metin çalışmasına latex2html izin kaldırılmıştır.
• latex2html allrunes paketi veya ilgili yazı işlemek mümkün olmadığı için geçici çözüm. önsöz htmlonly ortamda, çerçeve düzeni sembolleri metin 'Daeg' yerine runik karakterini A> Z kullanılarak yeniden tanımlanmıştır.
• Kılavuz boyunca alt ve üst simgeler giderir. Tüm alt ve üst simge textrm {} örnekleri civarında Bu tanıtır {}. Bu eksik braket sorun kaçınılması gibi kılavuzun PDF olarak indirmek için gerekli, ancak doğru gösterimini gerektirir latex2html tarafından derlenen el HTML sürümünü etkiler değil. düzeltmeleri yeni çerçeve düzeni bölüm yanı sıra gevşeme dağılma bölüm hem de bulunmaktadır.
• Düzenleme ve düzeltmeler DEĞİŞİKLİKLER dosyanın 4.0.0 bölümünü rahatla.
• Güncelleme ve serbest dinlenmek kontrol listesi belgesindeki wiki talimatları geliştirilmiş.
• bırakma kontrol listesi belgesinde ölü linkleri kontrol ile ilgili bir daha wiki talimat.

salma listesi belgenin 'Duyuru' bölümüne
• Daha küçük değişiklikler.
• kılavuzun LaTeX dosyaları çoğaltılamaz başlıkları bulmak için kabuk güncelleştirildi.
• bir Python komut dosyası içine kabuk bulma yinelenen başlık Çevrildi. Python komut çok daha gelişmiş ve çoğaltılmış başlıkları ve bunların sayısı bir tablo oluşturmak için farklı bir mantık kullanır. çoğaltır var olduğunda komut dosyası da başarısız çıkış durumu döndürür.
• sınıf yapısını kullanmak Python komut dosyası bulma çoğaltılmış başlığı Çevrildi. Bu komut dosyası bir modül olarak ithal edilmesini sağlar. tekrarlanan bulgu bulmak () sınıf yöntemi haline kaymıştır.
• komut bulma çoğaltmak başlığı Renamed.
• kabuk bulma yinelenen LaTeX başlığı kaldırıldı. Bu şimdi çok daha gelişmiş bir Python komut dosyası tarafından ele alınır.
• PDF ve HTML kılavuzları scons derleme şimdi çoğaltılmış başlıklar için denetler. Yeni replicate_title_check hedef scons komut dosyaları eklenmiştir. Bu, herhangi bir başlıklar çoğaltılır olup olmadığını belirlemek için suret LaTeX başlık bulma komut find () yöntemini çağırır ve böylece scons bir sys.exit (1) çağrısı ile döner hedefliyorsanız. Bu hedef, user_manual_pdf, user_manual_pdf_nofetch, user_manual_html, user_manual_html_nofetch scons hedefleri başlangıcında yer alır. Sonuç çoğaltmak başlıklar varsa manuel başlıkları değiştirilecek zorlayarak, derlenmiş olamaz olmasıdır. Sonuç HTML sayfaları bütün sadece bir HTML sayfası tüm bölümler için oluşturulan çoğaltılmış başlıklar sonuçları gibi, benzersiz olacağını olacaktır.
• LaTeX kaynaklarında çoğaltılan kitapların ortadan kaldırılması yeni bir çerçeve sipariş bölümleri tanıttı.
• kılavuzu LaTeX kaynaklarında eski çoğaltılmış başlığın çıkarılması. Bu optimizasyon bölüm değerleri, degradeler ve Hessians modeli ücretsiz analiz bölümü için yanı sıra tüm özel analiz bölümünde kullanılan başlık "Model-ücretsiz analiz" dir.
• Düzeltmeler ve replicate_title_check scons hedef için geliştirilmiş çıktılar.
• numpy Python paketinde meydana gelen gelecekteki değişikliklere karşı korumak için dinlenmek tüm güncelleştirildi. numpy sürüm 1.9, FutureWarning __main __: 1: FutureWarning: None` 'karşılaştırma gelecekte elementwise nesne karşılaştırma neden olur. Tüm büyük bir yüzdesinde görülen kullanıcı fonksiyonlarının rahatla. Bu yakalandı ve aynı mesaj ile RelaxWarning dönüştü. Sorun karşılaştırma operatörleri davranışı == ve! = gelecek numpy sürümleri ile değişecek olmasıdır. Bu DİR ile değiştirilir ve kod dinlenmek tabanı boyunca değil edilmiştir. Değişiklikler de maç için minfx ve bmrblib paketleri yapılmıştır.
• numpy değişikliklere karşı daha fazla gelecek koruma. FutureWarning rank` önerilmemektedir `dır; `Ndim` özelliği veya işlevi yerine kullanın. Bir matrisin rankı `numpy.linalg.matrix_rank` bkz bulmak için. Bu nedenle N-devlet modeli hedef fonksiyonu metodu paramag_info () .ndim özelliği ve daha uzun kullanım numpy.rank () işlevini kullanmak için güncellendi.
• Mf.test_bug_23933_relax_data_read_ids sistem testi düzenlendi. "NameError: Küresel isim 'kimlikleri' tanımlı değil" Bu hata # 23933, yakalamak için tasarlanmıştır gevşeme verileri yüklerken problem. PDB dosyası ve dinlenme verilerin bir kesik versiyonu, tam sürümü sadece artıkları 329, 330 oluşan hata raporu, bağlı olan ve 331 test paketi paylaşılan veri dizinleri eklenmiştir ve sistem testi yazılı NameError yakalamak.
• RelaxMultiSpinIDError yakalamak için Mf.test_bug_23933_relax_data_read_ids sistem testi güncellendi. Bir RelaxMultiSpinIDError beklendiği gibi bu, sistem test geçmesine izin verir.
• 1.0.12 ve 1.0.4 sürüm kontrol listesi belgede minfx ve bmrblib güncelleştirilmiş sürümleri. Bu == Yok ve = hakkında numpy FutureWarning mesajları kaldırmak için! Gelecekte davranış değişecek numpy veri yapıları, hiçbiri karşılaştırmaları.
• TBMM Artan! bırakma kontrol listesi belgede derinliği kesit haber.
• sequence.attach_protons kullanıcı fonksiyonunun tanımı genişletilmiş. Bu gelen http://thread.gmane.org/gmane.science.nmr.relax.user/1849/focus=1855. Aşağıdaki
• Paul Schanda gelen test verileri için ilk veri eklendi. Bu R2, eff nokta yöntemi geliştirmek için çeşitli olasılıklar vardır göstereceğiz.
• Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015 sistem testi eklendi. Bu nan değerler ikrazından çekecektir.
• nan değerleri atlanır olduğunu, dizi okuma ek bir kontrol yaptı.
• yapma 950 MHz deney için çoğaltılan 4000 Hz noktası üzerine değil emin olun.

Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015 sistem testinde
• R2, eff değerleri sayma bir test ekledi. Bu çoğaltılmış R2, 950 MHz / 4000 Hz noktasında eff üzerine olduğunu gösterir. Bir çözüm veri noktasının eklenmesini sağlamak için, çok az dağılım sıklığını değiştirmek için olabilir.
• Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015 için başka testler eklendi. Bu da R2 çoğaltır gösterecektir, eff değerleri de ele alınır.
• dağılımın veri modülünde r2eff_read fonksiyonu olarak, çoğaltılır R2 eff değerleri okumak için olanakları ekledi. dağılım anahtarı R2 eff sözlükte varsa, bu ilk denetimi yapılır. Varsa, yeni bir olasılık var kadar frekansa 0,001 eklemek devam ediyor. Bu ayrı değerler olarak çoklu R2, eff noktaları, sap ve onları ortalamasını herhangi bir karar almayan yardımcı olmalıdır.
• çizmek için çalışıyor ve bir model bilgilerinin depolandığı takdirde, bir hata dinlenmek yetiştirme beklentisi eklendi.
• dağılım eğrileri komplo ve bir model kaydedilirse, bir hata yükseltilmesi.
• verileri analiz etmek için örnek komut dosyası değiştirildi.
• oto-analiz ve kümelenmiş uyuyor dahil Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015 sistem testi Genişletilmiş. Bu analiz artık mümkün olduğunu göstermelidir.
• geçici devlet ve veri Paul Schanda GUI kurulumu için bir komut dosyası eklendi.
• Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015 GUI testi eklendi. Bu bir devlet yüklerken bir sorunla yaratacak gösterecektir. Traceback (en son çağrı son): TypeError:. Int () bağımsız değişken bir dize veya bir sayı değil, 'NoneType' olmalı
• model ücretsiz sonuçları dosyadan geri hesaplanması dinlenme veriler için bir örnek komut dosyası eklendi. Bu sonuçlar dosya geri hesaplanmış verileri içeren yok gibi sonuç dosyası, son model değildir, bu yararlıdır. Bu Christina Moller destek isteği # 3303 yanıt olarak.

Python 2.5 ile geriye dönük uyumluluk için Gary lib.float.isNaN () yerine math.isnan içinde () kullanarak
• .
• yazım hata ve R2, aynı frekansta eff noktaları okurken, relax_disp.r2eff_read yeni davranış belgelenmesi için Fix. Spin-konteyner zaten ya da 'spin-kilit alan gücüne' CPMG darbe sıklığı 'ile R2 eff değerleri içeriyorsa, frekans + 0.001 Hz sonsuz küçük değere göre değişecektir. Bu aynı frekansta kopyası ya da daha fazla izin verir.
• Modifiye iç yapısal nesne az PDB biçimine etkilendiği. yeni bir model oluşturulduğunda 1'e sıfırlanır ki PDB seri numarası artık zekice, ele alınır. Bu bilgi hala CONECT kayıtlarının okuma mantığını desteklemek için tutulur ve gelecekte ortadan kalkacak. Bu bilgiler iç yapısal nesne oluşturulduktan nasıl dayanan structure.write_pdb kullanıcı işlevi tarafından yeniden oluşturulur zincir kimlik bilgileri şimdi artık iç yapısal nesne saklanır.
• iç yapısal nesne değişiklikleri için Noe ve Yapı sistemi test sınıfları Güncellemeler. seri numarası artık sıfırlanabilir ve zincir kimlik bilgileri artık saklanır.
• PCA yapısal analiz uygulanmasına yardım etmek test paketi paylaşılan veri bir dosya eklendi. Bu çerçeve sipariş analizinde kullanılan CaM-IQ kompleksinin N-etki alanıdır. Bu tek bir molekül haline geri birlikte birleştirilmiş farklı rijit-organları ile frame_order.distribute kullanıcı işlevine bir çağrı, ilk 5 yapılarıdır.
• structure.pca kullanıcı fonksiyon ön uç düzenlendi. Bu, şu anda structure.rmsd kullanıcı fonksiyonu çerçevesi üzerinde modellenmiştir.
• structure.pca kullanıcı fonksiyon arka uç temel uygulama. Bu pipe_control.structure.main modülünün yeni pca () fonksiyonudur. Bu sadece, bazı denetimler gerçekleştirir atomik koordinatları toplanır ve geçer anda gerçeklenmemiş lib.structure.pca modülünün kütüphane pca_analysis dinlenmek () fonksiyonu kontrol eder.
• dinlenmek kütüphanede PCA analizi uygulanan Kısmi. Bu yeni structure.pca Kullanıcı fonksiyonu içindir. lib.structure.pca modülü oluşturulur ve calc_covariance_matrix () fonksiyonu ile yapı kovaryans matrisi hesaplamak için oluşturulan pca_analysis () işlevini, ve sonra onları sıralama ve kesiliyor, kovaryans matrisinin özdeğer ve özvektör hesaplamak olmuştur PCA modları istediğiniz sayı.
• structure.pca kullanıcı işlevine algoritma ve num_modes argümanlar eklendi. Bunlar dinlenmek kütüphane arka uç içine her şekilde geçirilir.
• dinlenmek kütüphanede PCA analizi için SVD algoritması uygulanmaktadır. Bu sadece numpy.linalg.svd () çağırır.
• dinlenmek kütüphanede PCA analizi artık PC'ler boyunca yapısına göre projeksiyonlar hesaplar.
• dinlenmek kütüphanede PCA analizi işlevi artık veri dönüyor. Bu PCA değerleri ve vektörler ve yapısı başına projeksiyonlar.
içerir
• PCA değerler ve vektörler ve yapısı başına projeksiyonlar şimdi depolanıyor. Bu pipe_control.structure.main modülünde structure.pca kullanıcı işlevi backend olduğunu.
• structure.pca kullanıcı işlevine biçim ve dir argümanlar eklendi. Bu ön ve arka biter.
• Modifiye assemble_structural_coordinates () yöntemi daha fazla bilgi dönün. Bu pipe_control.structure.main modülünden olduğunu. Listeler boolean argüman şimdi ayrıca molekül başına nesne kimliği listesini döndürmek için işlev, molekül başına model numarası listesi ve molekül başına molekül isim listesi neden olur kabul edilir.
• structure.pca kullanıcı işlevi artık bilgisayar projeksiyonlar grafikler oluşturur. Bu PC2 vs PC1, PC3 vs PC2, vb içerir.
• distribution.pdb dosyası için GROMACS PCA sonuçları eklendi. Bu GROMACS tüm bölümlerini ve tüm çıkış dosyaları yürütmek için kullanılan bir komut dosyası içerir.

Yeni 5.1.1 GROMACS sürümü için
• Güncelleme GROMACS PCA sonuçları.
• bir başlangıç ​​Structure.test_pca sistem testi düzenlendi. veri cdp.structure saklanır, bu yeni structure.pca kullanıcı fonksiyonunu yürütür ve denetler.
• structure.pca kullanıcı fonksiyonu arka uç grafikleri geliştirildi. aynı veri boru aynı yapının farklı modelleri bir grafik kümesi içinde böylece grafikleri artık kümelenmiş. Grafik başlığı da iyileştirilmiştir.
• Genişletilmiş Structure.test_pca sistemi test eder GROMACS değerleri karşılaştırmak için.
• ağırlıklı ortalama yapısı şimdi hesaplanabilir. Bu dinlenmek kitaplık modülü lib.structure.statistics bir calc_mean_structure () işlevi içindir. Ağırlıklar artık hesaplanabilir ve iade edilecek ağırlıklı ortalama sağlamak için her yapı için temin edilebilir.
• structure.pca kullanıcı işlevi gözlemci yapıları için destek eklendi. Bu durum, bu yapıların karşılaştırma amacıyla kullanılabilir, böylece sıfır ağırlık PC analizinde kullanılan yapılar bir alt sağlar. obs_pipes, obs_models ve obs_molecules argümanlar kullanıcı fonksiyon ön sonuna eklenmiştir. arka uç her yapı için ağırlıkları bir dizi oluşturmak için kullanır. Ve lib.structure.pca fonksiyonları PC modu hesaplamalarından gözlemci yapıları kaldırmak için sıfır ağırlık kullanın.
• Structure.test_pca_observers sistem testi düzenlendi. Bu structure.pca kullanıcı fonksiyonunun yeni gözlemci yapıları kavramı test etmek içindir.
• dinlenmek kütüphane temel bileşenler analizinden çıktılar geliştirildi. Bu lib.structure.pca modülünün pca_analysis () işlevi bulunmaktadır.
• Düzeltmeler ve structure.pca kullanıcı işlevi tarafından üretilen grafikler için iyileştirmeler. Farklı setleri artık doğru oluşturulur, ve şimdi parsellerde etiketli.
• Google Cloud Computing üzerinde hızlı dağıtım için bir test dağıtmak komut ekleme. Bir Ubuntu 14.04 LTS yüklemek amaçlanan için budur.
• kurulum için komut genişletilmesi.
• dağıtma komut işlevleri içine kurulum koymak.
• Yarma birkaç küçük fonksiyonları içine script dağıtmak.
• komut yüklemek için kontrol ifadeleri ekleme.

komut kaynak yaparken
• çeşitli işlevler yerine yapılabilir.
• Eklenen alanlarda daha iyi baskı için komut dosyası yüklemek için.
• öğretici komut ekleme.
• 2 öğretici komut ekleme.
• öğretici komut küçük sıkma kimliği hata düzeltme.
• düzenlendi hata # 24131 yakalamak için bir sistem testi, Martin Ballaschk tarafından bildirilen SpinContainer nesne, hiçbir S2 özniteliği BMRB ihracat hatası.
• RelaxError kontrol etmek için Mf.test_bug_24131_bmrb_deposition sistem testi Modifiye. Bir RelaxError test sonuçları, sonuç dosyası hiçbir seçilmiş spin içerdiğinden.
• başka bir sorun yakalamak için Mf.test_bug_24131_missing_interaction sistem testi eklendi. Bu hata # 24131, hiçbir S2 değerine sahip SpinContainer nesne ile BMRB ihracat başarısızlık parçasıdır. Ancak seçili spin atlama önceki düzeltme bu seçilmemiş spin için atomlar etkileşimleri ararken yine dinlenmek yeni bir sorunu getirmiştir.
• Bugfixes:
• yinelenmiş dinlenmek kılavuzun HTML sürümünde başlıkları ve dolayısıyla daha önceki bölümleri üzerine HTML dosya adları çoğaltılır, ortadan kalkmıştır.
• bug # 23933, için düzelt "NameError: Küresel isim 'kimlikleri' tanımlı değil" sorunu gevşeme verileri yüklerken. hata nedeniyle bazı eksik hata işleme kodu geri Kasım 2014 yılında tanıtılan ve dir. Sorun gevşeme verileri aittir Spin tipi (@N vs @H) belirtilmemişse olmasıdır. Şimdi doğru RelaxMultiSpinIDError yükseltilir. kimlikleri değişken yoktu -. o eklenecek planlanan kod, ama asla ve unutuldu
• kılavuzun model serbest bölümde CSA sabit denklemi için düzelt. Bu Christina Moller tarafından fark ve mesaj listesiyle relax-kullanıcılar bildirildi.
• devlet ve sonuçları dosyaları XML yapısal nesnenin depolanması için Hata düzeltme. fonksiyon açıkça nesneyi saklamak için modifiye sürece, daha önce cdp.structure eklenen herhangi bir nesne (ya da herhangi bir yapı nesnesi) yapısal nesne to_xml () metodu ile kaydedilmiş olmaz. Şimdi mevcut tüm nesneleri XML dönüştürülür.
• Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015 GUI testi ile yakalanmış gibi GUI gevşeme dağılım analizi için Fix. Bir komut devlet dosyadan yüklerken, Yok değeri mevcut olabilir. Bu artık standart değerlere ayarlanır.
• Koşma için Fix hiçbir grafik ekran ve matplotlib kullanarak bir sunucuda rahatlayın. Hata Relax_disp.test_repeat_cpmg sistem testi ile tespit edilmiştir. Ve oluşturulan hata oldu: QXcbConnection: görüntülemek için bağlantı kurulamadı. Iptal (çekirdek döküldü). matplotlib bir arka uç değiştirilmelidir. Bu, örneğin açıklanmaktadır: http://stackoverflow.com/questions/2766149/possible-to-use-pyplot-without-display ve http://stackoverflow.com/questions/8257385/automatic-detection-of-display-availability-with-matplotlib.
• (hata # 24131 için düzeltme) bir model ücretsiz analiz için bmrb.write kullanıcı fonksiyon arka uç davranışı Modifiye. Bu model ücretsiz analiz API bmrb_write () yönteminde olduğunu. Seçili spin şimdi atlanır ve onay dönüş veri monte edilmiş olduğundan emin olmak için eklenmiştir.
• bug # 24131, SpinContainer nesne yok S2 özniteliği BMRB ihracat başarısızlık için başka bir düzeltme. model-free bir model spin için ayarlanmış edilmemiş ise şimdi hiçbir veri BMRB dosyasında saklanır. Bu test paketi geçmesine izin verir.
• Hata düzeltme Mf.test_bug_24131_missing_interaction sistemi test geçmesine izin vermek. Bu hata # 24131, hiçbir S2 değerine sahip SpinContainer nesne ile BMRB ihracat başarısızlık parçasıdır. Difüzyon tensör verilerini monte ederken sorun oldu. difüzyon tensör tüm kalıntılar için rapor olarak spin_loop () işlevi, çağrılan oldu. Bu nedenle skip_desel = true model ücretsiz parçası maç eklenmiştir.

sürüm 4.0.0 yeni Nedir:

• Özellikler:
• katı cisim hareketlerini incelemek için çerçeve sipariş teorisi, son, tam ve doğru uygulanması. Bu içten hizalanmış sistemlerden RDC ve PCS verileri analiz etmek için şu anda.
• Değişiklikleri:
• frame_order.average_position kullanıcı fonksiyonunun silme ve ilişkili arka uç tüm kodu. sistemin hareket ekseninde hakkında hiçbir çeviri, saf rotasyon;: Bu kullanıcı fonksiyon kullanıcı ortalama hareketli alanı konumuna deplasman beş farklı türlerini belirtmek için izin birlikte bir çeviri ile sistemin hareket mil etrafında dönme; hiçbir rotasyon ile saf çeviri; Hiçbir çeviri ile hareket eden etki kütle merkezi ile ilgili bir rotasyon; Bir tercümesi ile birlikte hareket eden etki kütle merkezi ile ilgili bir rotasyon. Şimdi son seçenek varsayılan ve tek seçenek olacaktır. Bu seçenek, gerçek ortalama konumunda bir varsayımsal yapıya standart superimposition algoritması (Kabsch algoritma) eşdeğerdir. Diğer dört teorisinin gelişimi tarihine kaynaklanmaktadır. Bu sınır teorisinin kullanışlılığı ve sadece karışıklığa neden olur.
• çerçeve sipariş hedef fonksiyon kodu kadar temizleyin. Bu frame_order.average_position kullanıcı fonksiyonunun silinmesi önceki değişikliği ile eşleşir. değişiklikler bu artık her zaman yapılır olarak tercüme optimizasyonu bayrak kaldırılmasını ve bu artık kalıcı ayrılmış olarak ortalama etki rotasyon pivot noktası motional pivot noktasını maç neden bayrak kaldırılmasını içerir.
• lib.frame_order.pseudo_ellipse modülünde fonksiyonların alfabetik sıralama.

Onlar henüz uygulanmadı
• 'çizgi' çerçeve sipariş modellerinin tüm elendi. Bu sadece önyüz kodudur -. Arka uç yok
• izotropik koni CaM çerçeve sipariş test modeli optimizasyon komut güncellendi. Nedeniyle çerçeve sipariş analizinde tüm değişiklikleri, eski komut artık işlevsel oldu.
• ortalama etki konumunu bulmak için CaM çerçeve sipariş testi modelleri için bir komut dosyası düzenlendi. sabit bir eksen etrafında dönme ortadan gibi, 1J7P_1st_NH.pdb için 1J7P_1st_NH_rot.pdb vites COM hakkında bir çevirme ve döndürme çevrilmek üzere yer alır. Bu komut Euler çeviri vektörü ve RAM rotasyon Euler açıları ile açıları mil dönüşü yerine kullanılacaktır. Ancak structure.superimpose kullanıcı işlevi RAM üst üste yanı sıra standart ağırlık merkezi superimposition hem işlemek için modifiye edilmesi gerekir.
• CaM çerçeve sipariş test modeli superimposition komut güncellendi. structure.superimpose kullanıcı işlevi artık doğru olarak adlandırılır. bu deney modelleri için gerekli olan doğru çeviri ve Euler dönüş bilgileri içerir olarak çıktı günlük dosya havuzuna eklenmiştir.
• izotropik koni CaM çerçeve sipariş test modeli optimizasyon komut için parametre güncellemesi. Euler çeviri vektör ve Euler açısı RAM rotasyon parametreleri ile yerini almış motional mil etrafında dönmek için açıları.
• parametre kısıtlamaları yoktur çerçeve sırası modelleri bir dizi için düzelt. linear_constraint () işlevi, bu modeller için [], [] = A, b, dönüyordu, ama bu boş numpy dizileri minfx kütüphane başarısız olmasına neden oluyordu. Bu değerler şimdi yakalanmış ve kısıt algoritma minimize () özel API yöntemi kapatılır.
• CaM çerçeve sipariş test verileri nesil baz komut dosyası tüm verilerin kesinliği arttırıldı. Bunların hepsi numpy türlerini float64 için float16 dönüştürülmüş edilmiştir.
• CaM çerçeve sipariş test verileri nesil baz senaryoda RDC hata ayarı için Fix. rdc_err veri yapısı atomlar veri kaplarda bulunan, sıkma yok kapları.
• CaM çerçeve sipariş verileri nesil baz senaryo yapısı yükleme kısmının modifikasyonu. DIST_PDB bayrak set edildiği takdirde sadece yapıların 3 boyutlu dağılımı üretmek için kullanıldığı gibi yapılar artık sadece, yüklenir. Bu zaman ve bilgisayar belleği bir sürü kaydeder.
• CaM çerçeve sipariş test verileri nesil baz senaryonun büyük hızlanma. Tüm spin atom pozisyonlarını ve XH birim vektörler saklamak için çok boyutlu numpy dizileri kullanarak ve) (numpy.tensordot kullanarak bu yapılar üzerinde dönüşleri yaparak, hesaplamalar 10 kat daha hızlı bir faktör oldular. ilerleme ölçer her 1000 yerine 100 den tekrarlamalar göstermek için değiştirilmesi gerekiyordu. pozisyonları ve vektörlerin rotasyonlar artık yanlışlıkla çift hareket modelleri ile bir hata (yani 'çift rotorlu' modeli) sabitleme, sırayla yapılır.
• bilgisayar RAM korumak için CaM çerçeve sipariş test verileri nesil baz komut Modifiye. Tüm N rotasyonlar için XH vektör ve atomik konum veri yapıları numpy.float32 ziyade numpy.float64 Çeşidi oldular. Ana değişiklik ortalama RDCs hesaplamak ve veri dosyaları yazılır sonra N-boyutlu veri yapılarını silme, ayrı ayrı PCSS ortalama.
• hız ve bellek tasarrufu için CaM çerçeve sipariş verileri nesil baz senaryonun tam yeniden tasarlanması. döndürülmüş XH bağ vektör ve atomik pozisyon kodu çok hızlı olmasına rağmen, ihtiyaç duyulan bellek miktarı dönüş kaplarda bu depolamak ve atomlar arası veri konteynerleri zaman N & gt büyük; 1E6. sonraki rdc.back_calc ve pcs.back_calc kullanıcı işlev çağrıları da çok uzun sürecektir. Bu nedenle baz senaryo yeniden tasarlandı. _create_distribution () yöntemi dörde bölünmüş oldu: _calculate_pcs (), _calculate_rdc (), _create_distribution (), ve _pipe_setup (). _pipe_setup () yöntemi gerekli tüm verileri veri boru kuran ilk olarak adlandırılır. DIST_PDB bayrağı ayarlandığında Sonra _calculate_rdc () ve _calculate_pcs () yöntemleri ve nihayet _create_distribution () eğer. rdc.back_calc ve pcs.back_calc kullanıcı işlevlerine çağrılar ortadan kaldırılmıştır. Bunun yerine _calculate_rdc () ve _calculate_pcs () yöntemleri numpy dizi yapılar olarak ortalama RDC ve PCS kendilerini hesaplar. Aksine döndürülmüş vektörler ve atomik pozisyonları veri yapıları büyük depolama yerine, RDCs ve PCSS toplanır. Bunlar daha sonra değerleri ortalamasını sonunda self.N bölünür. N 20 milyon RAM kullanımı ayarlandığında eski kod ile karşılaştırıldığında, ~ 20 GB için ~ 65 MB düşüyor. Toplam çalışma süresi de bir kaç saat (bir emir ya da büyüklüğün iki) için birkaç gün tek bir sistem üzerinde azalmıştır.
• CaM çerçeve sipariş test verileri nesil baz komut dosyası için ilerleme metre güncelleme değiştirildi. spinner her 5 artırım güncellenmesi, çok hızlı ve şimdi her 250 Ve toplam sayısı şimdi sadece her 10.000 artışlarla yazdırılır.
güncellenir
• CaM çerçeve sipariş test verileri nesil baz komut dosyası için ilerleme metre geliştirmeler. Virgül şimdi binlerce arasında basılır ve sayılar şu anda haklı.
• RDC ve PCS ortalamaya doğruluğu büyük artış. Bu CaM çerçeve sipariş test verileri nesil baz senaryo içindir. sonunda N bölünmesiyle sonra 1D numpy.float128 diziler içine RDCs ve PCSS (bunun için, 64-bit sistem gereklidir) toplayarak, ve ile, ortalama değer çok daha yüksek bir doğrulukla hesaplanabilir. N büyüdükçe, sayısal ortalama kesme eserler daha büyük miktarlarda tanıttı. Yani bu değişiklik, bu hafifletir.
• RDC ve CaM çerçeve sipariş test verileri nesil baz script ortalama PCS için düzelt. çift ​​rotorlu modeli veya herhangi bir çoklu motional mod modelinde, ortalama yanlış oldu. Bunun yerine N bölme, değerleri M devinişsel modları sayısı N ^ M, bölünmüş olmalıdır.
• CaM çerçeve havale ücretsiz rotor modeli test verileri için hassas dev artış. dağıtım sayı yapıları şimdi yirmi milyon ziyade bir milyon ve güncellenmiş veri nesil baz senaryonun daha yüksek hassasiyet numpy.float128 ortalama kullanılmıştır, çünkü daha yüksek hassasiyet olduğunu. Bu veriler sıfıra alfa parametresi çökmesiyle etkilenen ücretsiz rotor modelleri için beta ve gama ortalama etki pozisyon parametre değerlerinin çok daha iyi bir tahmin için izin vermelidir.
• CaM çerçeve sırası çift rotorlu modeli test verileri için hassas dev artış. yüksek hassasiyet dağıtımında sayı yapıları artık çünkü (4500 ^ 2) yerine milyon (500 ^ 2) dörtte yirmi milyondan fazla. Ve güncellenmiş veri nesil baz senaryonun daha yüksek hassasiyet numpy.float128 ortalama kullanılmıştır.

• Değişiklikleri:



• Bugfixes:

• Özellikler:















• Değişiklikleri:












































































































Yani

sürüm 3.3.4 yeni Nedir:

• Özellikler:






• Değişiklikleri:






































































• Bugfixes:

• Özellikler:








• Değişiklikleri:





















































• Bugfixes:

• Özellikler:








• Değişiklikleri:








































































































































• Bugfixes:

• Değişiklikleri:












































































































































































































































• Bugfixes:

sürüm 3.3.0 yeni Nedir:

• Özellikler:



















• Değişiklikleri:

sürüm 3.1.5 yeni Nedir:

• Değişiklikleri:




• Bugfixes:

• Özellikler:




• Değişiklikleri:
























• Bugfixes:

sürüm 3.1.3 yeni Nedir:

• Değişiklikleri:

• Değişiklikleri:













• Bugfixes:

sürüm 3.1.1 yeni Nedir:

• Özellikler:













• Değişiklikleri:

• Özellikler:






























• Değişiklikleri:


































































- & Gt;

• Özellikler:




• Değişiklikleri:























































• Bugfixes:

sürüm 3.0.1 yeni Nedir:

• Özellikler:






• Değişiklikleri:







































































































• Bugfixes:

sürüm 3.0.0 yeni Nedir:

• Özellikler:





















• Değişiklikleri:





























































































































































































































































































































• Bugfixes:

• Özellikler:







• Değişiklikleri:










































• Bugfixes:

• Özellikler:


• Değişiklikleri:

2.2.3 sürümünde yeni Nedir:

• Özellikler:









• Değişiklikleri:














































































































































• Bugfixes:

• Özellikler:


• Değişiklikleri:


























• Bugfixes:

sürüm 2.2.1 yeni Nedir:

• Değişiklikleri:









• Bugfixes:

• Özellikler:













• Değişiklikleri:




















































































































• Bugfixes:

sürüm 2.1.2 yeni Nedir:

• Özellikler:





• Değişiklikleri:

sürüm 2.1.1 yeni Nedir:

• Özellikler:










• Değişiklikleri:


















































































































































• Bugfixes:

sürüm 2.1.0 yeni Nedir:

• Özellikler:





• Değişiklikleri:




































































































































• Bugfixes:

sürüm 2.0.0 yeni Nedir:

• Özellikler:





















• Değişiklikleri:

• Özellikler:


• Değişiklikleri:


• Bugfixes:

sürüm 1.3.9 yeni Nedir:

sürüm 1.3.8 yeni Nedir:

sürüm 1.3.6 yeni Nedir:

Gereksinimleri :

• Python