tigreBrowser

tigreBrowser Tigre R paketi sonuçları için bir gen ifadesi modeli tarayıcı (http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tigre.html).
Kurulum:
tigreBrowser Python sürümünü> = 2.5 gerektirir. tigreBrowser aşağıdaki komutu ile monte edilebilir:
Python yüklemek setup.py
(Örneğin, yalnızca geçerli kullanıcı için kök izinleri olmadan yükleme) python modülleri yükleme hakkında daha fazla bilgi için, bkz http://docs.python.org/install/
Başlangıç ​​sunucu
tigreBrowser dahil web sunucusu gerçek sonuç tarayıcısını kullanmak için çalışıyor olması gerekir.
Sen tigre R paketi (http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tigre.html) tarafından oluşturulan bir veritabanı dosyası gerekir. Bu paket tigreBrowser test etmek için kullanılan bir test veritabanı dosyası 'database.sqlite' içeriyor. test veritabanı tigre paketinde bulunan talimatlara ve örnek veriler kullanılarak oluşturulmuştur.
Sunucunun grafik kullanıcı arayüzü başlatmak için tigreServer.py yürütün. Sonuç tarayıcısını başlatmak için, bir birinci sonuçları gösterileceği bir veritabanı dosyası seçmeniz gerekir. Bu 'Açık veritabanı dosyasını' seçerek ve bir veritabanı dosyası seçerek yapılabilir. veritabanı dosyası yazma izinlerine sahip olmamalıdır. Sunucu daha sonra 'sunucusunu başlatın' tıklayarak başlatılabilir. Tıklandığında, bir etiket sonucu tarayıcının URL göstermek için düğmeleri altında görünür.
Sonuç tarayıcı normal bir web tarayıcısı kullanarak bu URL artık erişilebilir. Tarayıcıyı kullanarak talimatlar bu kılavuzun sonraki bölümünde bulunmaktadır. Sunucu 'sunucusunu durdurun' tuşu ile durdurulana kadar tarayıcı mevcuttur.
tigreServer.py bir komut satırı arayüzü ile kullanılabilir. Daha fazla bilgi için '--help' seçeneği ile komut başlayın.
tarayıcısını kullanarak
Dataset seçim
veri kümesi seçimi Sonuçları listesinde hangi sırayla görünür olacaktır belirler. Deneme seti seçimi deney setini seçmek için kullanılır. Bu deneylerin sadece sonuçlar listesinde gösterilecektir.
Sonraki veri kümesi seçiminde transkripsiyon faktörü (TF) veya hedef setinin seçimi, sonuç tarayıcı ayarlanmış olmasına bağlı sıralama modu veya regülatör sıralaması modu (yükleme) Hedef. Hedef sıralama modunda, TF seçimi mevcuttur ve sonuçları listeleme verilen TF farklı hedefler için sonuçlarını içermektedir. Regülatör sıralama modunda, hedef set seçilir ve listeleme farklı düzenleyiciler için sonuçları gösterecektir.
Sonuç sayısı yüksek olabilir gibi, sonuç birden fazla sayfa bölünmüş olabilir. Seçim "Sayfa başına genlerin sayısı" gösterdi sonuç sayısını ayarlamak için kullanılır. Bu sayfa yükler eğer yavaş yavaş nedeniyle görüntülerin çok sayıda sonuçların sayısını azaltmak için yararlı olabilir.
Son olarak, sonuçlar gösterdi sırası seçimi "Sırala" ile değiştirilebilir. Sonuçlar verilen ölçüte göre descendingly sıralanacaktır.
Süzme
Sonuçlar farklı kriterlere göre filtre edilebilir. Bir Örneğin, belirli bir eşiğin daha yüksek z-puanı genler için sadece sonuçlar gösterebilir.
Bu filtreleme yaparken birden kriterleri birleştirmek mümkündür. "[+]" Bağlantısını başka kriter eklemek için kullanılabilir. Bir kriter aynı şekilde kullanılarak kaldırılabilir "[-]" (tek kriter olduğunda gösterdi) bağlantısı. Birden kriterler kullanıldığında, tüm kriterleri karşılaması gerekir bir gen sonuç listesinde gösterdi edilecek.
Filtreleme "Filtreleri Uygula" onay kutusunu kullanarak aktive edilir.
Vurgulama
Veritabanında genler ek veriler içeriyorsa, sonuç bu verileri kullanılarak vurgulanmış olabilir. Mevcut vurgulayarak seçenekleri bu seçenekler ilişkili renklerle gösterilmektedir.
seçimi ile eşleşen ek verilere sahip genlerin sonuç listesinde sonda adları altında renkli kutuları göstererek vurgulayarak çalışır.
Arama
Verilen genler için arama sonuçları mümkündür. virgül yazarak arama çalışmaları arama kutusuna gen ya da prob isim listesini ayrılmış. Gen takma ayrıca arama girişi olarak kullanılabilir.
Gösterilen sonuçlar
düğme tıklandığında "Gönder" kümesi, filtreler, ışık ve arama verilen seçimi için sonuçlar gösterdi olacaktır. Veritabanı sonra verilen seçimi eşleşen sonuçlar için sorgulanacak. "Reset" butonuna tüm seçimleri ve textfields temizlemek için kullanılabilir.
Sonuçlar liste birden çok sütun içerir. İlk sütunda bir prob adı probu ile ilişkili bir GENENAME ile görüntülenir. Gen adının yanında bir veritabanında tanımlanmış ise gen ifadesi rakamdır. Aşağıdaki sütun genler için gerçek sonuçlarını içermektedir. Herhangi bir ek veriler de burada görüntülenir. Deney rakamları sonuç değerleri yanında görüntülenir.
. Veritabanına eklenen Son olarak, deney parametreleri, yanındaki rakamlar bir tablo olarak gösterilecektir

Gereksinimleri :

• Python