E-Cell System

E-Hücre Sistemi bilgisayarlarda sanal hücreleri inşa bir kavramdır.
E-Cell System modelleme, simülasyon ve böyle biyolojik hücreler, Kouchi Takahashi tarafından tasarlandı ve geliştiricilerin harika bir ekip tarafından yazılmış gibi büyük ölçekli karmaşık sistemlerin analizi için bir nesne yönelimli yazılım paketidir. Sistemi, E-Cell Simülasyon Ortamı sürüm 3, Core kısmı arada farklı zaman ölçekleri ile birden algoritmaları tarafından yönlendirilen birçok bileşen verir.
E-Cell Projesi hassas tam hücre simülasyonu izin vermek için gerekli teorik destekleri, teknoloji ve yazılım platformları geliştirmeyi amaçlayan uluslararası bir araştırma projesidir.
E-Hücre Sistemi aşağıdaki üç ana bölümden oluşmaktadır:
- E-Cell Simülasyon Ortamı (veya E-Cell SE)
- E-Cell Modelleme Çevre (veya ME E-Cell)
- E-Cell Analiz Toolkit

Özellikler :

• Temel yetenekleri:
• Nesne yönelimli modelleme ve karmaşık sistemlerin simülasyonu.
• Plug-in mimarisi. Yeni kullanıcı nesne sınıfları, geliştirilen dinamik olarak yüklenen ve simülasyon kullanılabilir.

Simülasyon sırasında
• Gerçek zamanlı kullanıcı etkileşimi ve görselleştirme.


• Scripting:
• bir simülasyon oturumu Python betik (çalıştır / durdur / parametre manipülasyon / veri ... vb işleme).
• simülasyon oturumların çoğu çalışır içeren bir simülasyon deneyi Python betik (örneğin parametre ayarlama, metabolik kontrol analizleri vb ..)
• model dosyası nesil Python betik (veritabanlarından otomatik model yapımı için, örneğin).


• Uyumluluk:
• SBML seviyesi 1/2 ithal.
• SBML seviyesi 1/2 ihracat.


• Paralel hesaplama:
• Paylaşılan bellek, tek bir simülasyon oturumu multi-thread parallelleştirme. (Ana dal birleştirilecek.)
• Küme ve ızgara çoklu simülasyon oturumlarının hesaplama dağıttı. Sun Grid Engine (Globus araç).

Bu sürümdeki yeni nedir:.

• Bu sürüm, çeşitli onarımları ekler

sürüm 3.1.107 RC2 yeni nedir: ecell.Session.saveLoggerData içinde

• Sabit bir hata (). (Moriyoshi)
• ecell.ECDDataFile bir hata düzeltildi. (Moriyoshi)

nedir sürüm 3.1.107 RC1 Yeni:

yeni GCC (& gt

• Sabit derleme sorunu; = 4.3). (Moriyoshi)
• pyecell içine entegre pyecs. (Moriyoshi)

Ecell.ecs içine
• Birleştirilmiş ecell.emc (Mac OS X dahil) bazı platformda statik başlatıcı garabeti önlemek için. (Moriyoshi)
• İki GUI önyüzleridir (session-monitör ve model-editör) python modülleri ecell.ui.osogo ve ecell.ui.model_editor iki paket olarak yenilenmiştir. (Moriyoshi)
• ecell / önyüz / SESSION_MANAGER bulunduğu ecell.ui.osogo.GtkSessionMonitor taşındı GtkSessionMonitor. (Moriyoshi)
• ecell.SessionManager ecell.session_manager için yeniden adlandırıldı. (Moriyoshi)
• ecell.ecs_constants aşağıdaki sabitler kaldırıldı. (Moriyoshi)