NCBI C++ Toolkit

Herhangi bir kısıtlama kullanmak

NCBI C ++ Toolkit ücretsiz, taşınabilir, kamu malı kütüphaneleri sağlar. Unix, MS Windows ve Mac OS platformlarında çalışır:
ย ท iostream adaptörleri ile Ağ ve Arası İletişim (IPC) kütüphane
ย ท Multithreading Kütüphanesi
ย ท CGI ve Fast-CGI Kütüphane
ย ท HTML Nesil Kütüphane
ย ท SQL veritabanı erişimi Kütüphanesi
BerkeleyDB için ย ท C ++ sarıcı kütüphanesi
ย ท C ++ iostream Adaptör / Sarıcı Kütüphanesi
Iostream adaptörleri ile ย ท GZIP ve BZ2 C ++ Wrapper Kütüphanesi
ย ท ASN.1 ve C ++ Code Generator Aracı ile XML Serialization Kütüphanesi (datatool)
ย ท Tarih ve Saat Kütüphane
ย ท Dosya Sistemi İşlev Kütüphanesi
ย ท Komut Satırı Argüman, Yapılandırma ve Çevre İşleme Kütüphanesi
ย ท Dizi hizalama algoritmaları Kütüphanesi
ย ท ŞOK Motor Kütüphane
ย ท Biyolojik Diziler Alma ve İşleme Kütüphanesi
ย ท Taşınabilir FLTK ve OpenGL tabanlı GUI ve grafik kütüphaneleri
Yukarıda yanı sıra, bir sürü daha kullanışlı kütüphaneler, hem genel amaçlı ve biyoteknoloji ile ilgili sürekli geliştirilen muhafaza ve Web ve bağımsız uygulamalar ve bunların programcılar yüzlerce gerçek hayat üretiminde kullanılan (ayrıca yüzlerce sayılır) vardır.
Bir C ++ geliştirici iseniz Biyoinformatik çok ilgi olmasa bile eğer çapraz-platform uygulamaları oluşturmak çok yararlı kütüphanelerin taşınabilir doğası bulacaksınız. CGI / Hızlı CGI, HTML, Networking, SQL veritabanı erişimi, ASN.1 ve XML Serialization olanlar gibi Kütüphaneler oldukça genel amaçlı ve Biyoinformatik sorunu etki alanının dışında çeşitli uygulamalar kullanılabilir.
Kütüphaneler her gece inşa ediliyor C ++ Toolkit aktif gelişme uğrar. kaynak kodu FTP ve CVS ile serbestçe kullanılabilir. C ++ Toolkit belgeleri Acrobat en PDF biçiminde olduğu gibi indirilebilir kitap da NCBI Kitaplık formatında çevrimiçi kullanılabilir ve bir

Bu sürümdeki yeni nedir:.

• SEÇMELER:
• SQLite3 dayanmaktadır Eklendi LDS2 (Yerel Veri Depolama v.2), yeni özellikler ve daha iyi performansa sahiptir. Ayrıca Nesne Yöneticisi LDS2 kullanmak için LDS2 veri yükleyici uyguladı.
• XmlWrapp uygun XML işleme API çoğunlukla bitmiş (ve hatta cilalı) olmuştur -bu.
• HTTP vekilleri üzerinden tünel ve HTTP bağlantıları ve güvenli prizler tünel yetki, Uygulanan.
• CFormatGuess şimdi GTF, GFF3 ve GFF2 ayırt izin verir. Bu muhtemelen kırma değişikliktir. Daha fazla detay aşağıda bakın.
• CFeatTree ve Uygulanan başlıca parçaları, kendi ebeveyn-çocuk ilişkileri yansıtan bir hiyerarşi içine biyolojik dizisi tanımlanan özellikleri düzenlemek için sınıf (özellik alt tipleri dayanarak).
• CORELIB:
• dize Uygulanan yerel-bağımsız dönüşüm çift ve arka; Değiştirilen çekirdek kütüphaneleri kullanmak için.
• NStr ::) (Yasla - metin paragraf biçimlendirme için
.
• CNcbiApplication - FindProgramExecutablePath statik ve daha güçlü hale; Statik üst düzey GetAppName yöntemi ekleyin. Daha fazla durumlarda genel yapılandırma dosyaları arayın.
• CMetaRegistry :: FindRegistry -. Yeni yöntem yüklemek için hangi dosya (varsa) belirlenmesi mantığı açığa
• CEnvironmentCleaner -. İstenmeyen ortam değişkenleri atmak için yeni bir sınıf
• CFileIO - Özgün davranışa geri:. O SetFileHandle () üzerinden atanmış eğer dosya tanıtıcısı kapatmayın
• SERİ:
• AnyContent veri nesneleri seri hale - tanımak sabit ve düzgün bir süreç değerleri niteliklerini
.
• hiçbir içeriğe sahip bir eleman varsayılan değere atamak için XML veri okuma düzeltildi.

Eleman varsayılan değere sahiptir elemanları, dizileri için
• desteği eklendi.
• DATATOOL:
• Düzeltilmiş kod üretimi:
• SEÇİM veri nesneleri;

Özelliklere sahip
• ikili veri türleri.
• çift türü değerleri düzeltildi dönüşüm daha önemli basamak korumak için.
• CONNECT:
• Added canlı tutma yuva seçeneği (fSOCK_KeepAlive).
• Eklendi NCBI bağlantı testi (CConnTest).
• UTILITES:
• g_FindDataFile -. (Ayarlanabilir), standart yerlerde veri dosyalarını bulmak için yeni fonksiyon
• CChecksumStreamWriter -. Bir dere yazılı verilerin sağlama hesaplamak için yeni bir sınıf
• g_GZip_ScanForChunks () - yeni API, sıkıştırılmış akışı pozisyonları sorgulamak için. Zincirleme gzip dosyası içinde ayrı gzip dosyaları için pozisyonları almak için uygulanmasını eklendi.
• eklendi sıkıştırma / açma akımı manipülatör (/ util / kompres / stream_util.hpp dahil).
• CFormatGuess (util / format_guess. {H / c} s) bir olasılıkla kırma değişikliği ile, güncellendi. Bunun amacı, CFormatGuess GTF GFF3 ve GFF2 ayırt sağlamaktır. Şu anda bir tek 'eGtf' değerine içine bu biçimlerinin tüm topaklar. Eski 'eGtf' değeri (3) 'eGtf_POISONED' ile değiştirilir ediliyor, ve tekrar iade edilmeyecektir. 'eGtf' (21) için yeni bir değer CGtfReader (objtools / okuyucular / gtf_reader.hpp) ile okunması gereken bir dosya anlamına gelecektir. yeni değer 'eGff3' (22) dosyaları dosyalar için CGff2Reader ile okunacak anlamına CGff3Reader (objtools / okuyucular / gff3_reader.hpp), ve 'eGff2' (24) ile okunacak demek içindir (/ objtools / okuyucuları vardır /gff2_reader.hpp)
• BIO-CİSİMLER:
• CBioseq :: GetNonLocalId - daha bağlamda aralık özellikleri ile FASTA dosyaları ithal yeri dizileri yardım Yeni yöntem; CBioseq_Handle :: GetNonLocalIdOrNull (aynı şekilde yeni) tarafından sarılmış.
• CSeq_id :: IdentifyAccession - uygulamak veya DDBJ yeni ihtimaline karşılık bazıları daha önekleri (GA, HH, Havai, HO-HU, JA-JO, EAAA-EZZZ, ve IAA-İzz, tanınmasını artırmak TPA WGS verileri) ve çoğunlukla EMBL karışık-in TPA proteini katılmalar (ama çok GenBank'tan bazı).
• Yeni bir bayrak bit tarafından WGS ana katılımları ayırt. Aşırı sıkı PDB tanıma mantığı rahatlayın.
• CSeq_id :: IsValidLocalID, CSeq_id :: ParseIDs -. Düz metin dizisi tanımlayıcıları ile çalışmak için yeni işlevsellik, CFastaReader dışarı çarpanlarına ve biraz genelleştirilmiş

Bazı FAŞTA defline kaynak Değiştiricilerdeki, Seq-id aralıkları gibi mevcut çalışma (;, yineleyici & quot ayrıştırıcı ve on-the-fly & quot tam) Yeni tip -
• SSeqIdRange.
• BIO-ARAÇLAR:
• CFastaOstream - İsteğe bağlı tek dizileri için özel ünvanlar kabul. Lider 'c ile' Etiket negatif iplikli aralıkları.

.
• CFastaReader - negatif iplikli aralıkları ve payet kompakt defline tarzı boşluğu sözdizimi Destek (? & Quot; & gt; N bir sayıdır; N & quot veya & quot; & gt; unk100 & quot;)
• KOBALT:

Hizalama kısıtlamaları hesaplanmasında kullanılan dizisi başına korunmuş alanların sayısını sınırlar
• eklendi komut satırı seçeneği -num_domain_hits.
• Filogenetik ağaçlar:
• (örnek BLAST ve KOBALT sonuçları için) dizi sınalamalarından filogenetik ağaç hesaplama üst düzey arayüzü eklendi. Sınıf CPhyTreeCalc filogenetik ağaç hesaplar ve CPhyTreeFormater Newick ve Nexus formatında ağacı yazdırır.
• BIO-OBJE KÜTÜPHANELER:
• Uygulanan CheckNumRows () ve seyrek hizalanmalarda için başka yöntemler.
• bellek ayak izi azaltmak için: serisini kaldırma sonra hizalamalara tarafından kullanılan bellek azaltmak için okuma-kanca ekledi; Na-iplikli artık belleğin mümkünse bir bayt kullanır; Score.value seçim artık CScore gömülüdür.
• (CSeq_id :: GetLabel içinde katılımı Capitalize).
• BIO-OBJECT MÜDÜRÜ:

CTableFieldHandle içinde boolean alanlar için
• eklendi alıcı yöntemleri.

CFeatTree dayalı
• Eklendi GetBestGeneForFeat ().
• CFeatTree üzerine GetBestOverlappingFeat (). Uygulanan
• Eklenenler hızlı cscope :: GetTaxid ().
• acc / ver gi, etiket ve taxid için Uygulanan toplu yükleme.
• Eklenenler sıfır uzunlukta boşluklar CSeqMap ve CSeqVector kontrol edin.
• Uygulanan GetLength () ve tahvil yerleri için GetCoverage ().
• İyileştirmeler:
• eklendi yardımcı bir yöntem yere CFeatTree doldurmak için.
• CFeat_CI basit CSeq_loc_mix yerleri haritalama kadar sped.

Belirsizlikleri önlemek için CFeat_CI özelliklerin
• sıkı sıralama.
• Şimdi Seq-tablo ile çalışmak CSeq_feat_Handle alıcılar da bulunmaktadır.
• Seq-tablo özellikleri artık çok düzeyli kullanıcı alanlarını desteklemektedir.

Bölünmüş yığın bulunan eğer
• Seq-ft Seq masalar artık daha tanınır.
• CBioseq_Handle :: AddId kadar sped ().
• Optimize cscope :: AttachXxx ().

Adlı şerhin
• Destek bölünmüş.
• CSeqVector ve CSeqVector_CI en CanGetRange () şimdi yanlış yerine bir istisna atma dönmek.
• ) (ResetHistory varolan kolları ile nasıl başa belirtmek için izin verin.
• daha fazla özellik CFeatTree eklenir eğer yeniden ebeveynlik optimize edilmiştir.
• cscope oluşturma / silme hata ayıklama olanağı eklendi.
• Orada zaten BasicCleanup ile yapılacak çok iş hala, ama önemli ilerlemeler kaydedilmiştir C var temizleme işlevini taklit C ++ temizleme işlevine birçok değişiklik. Az iş olarak henüz ExtendedCleanup için yapılmıştır.
• CSeq_loc_Mapper artık GC-Meclis ile başlatılabilir.
• Hata düzeltmeleri:
• CFeat_CI eksi iplikçikteki karışımı yerleri Sabit haritalama.
• CFeatTree özelliklerini bağlantılar şekilde birçok giderir.
• Çeşitli iş parçacığı güvenliği giderir.

CSeq_annot_EditHandle hizalar ve grafikler ekleyerek önlenmesi
• Sabit yazım hatası.
• istisnalar karşı Korunma CFeat_CI özellikleri sıralarken.
• GENBANK VERİ LOADER:
• Kayıtlı HPRD dış açıklamaları.
• pubseqos / pubseqos2 okuyucuları isteğe bağlı exclude_wgs_master param eklendi.
• acc / ver gi, etiket ve taxid için Uygulanan toplu yükleme.
• Eklendi CGBDataLoader :: CloseCache ().
• İyileştirme:

Cscope :: GetBioseqHandles
• kullan toplu yükleme istekleri ().
• yüklü lekeler türüne göre ayrı okuyucu istatistikleri.
• Gen Bankası hata ayıklama iletileri eklendi damgası.

PubSeqOS bağlantıları açmak için
• kullanın IConnValidator.
• Yanlış parçaları kullanarak önlemek için Gen Bankası önbellek yığın istekleri ve öbek alt anahtarlarının eklendi bölünmüş sürüm blob bölünmüş devlet kimliği değiştiği zaman.

Açık zaman aşımı
• Eklenenler ikincil az kafa karıştırıcı param adları.
• bağlantı sayısına göre sayımını yeniden çarpın etmeyin.
• OBJECT MÜDÜRÜ TEST VE DEMO UYGULAMALARI:
• id2_fetch_simple -. Keyfi Seq-id 's eklendi-id seçenekler
• test_bulkinfo -. Yeni bir test uygulaması
• FAŞTA:
• C ++ özelliği tablo işlevselliği gibi BankIt projenin bir parçası olarak daha işlevsel hale getirilmiştir.
• programı asn2flat

(Bazı görece küçük sorunlar kalsa da, muhtemelen bu noktada hazır bırakın)
• flatfile biçimlendirici değişiklikleri Büyük sayısı o çok daha yakın bırakın hazır devleti getirmek.
• XMLWRAPP:
• XPath ifadesi sonuçları çalıştıran bir başvuru alma durumunda Sabit segmentasyon hatası.
• Dış ve iç alt grupları için kamu kimliği, sistem kimliğini ve DTD adını almak için yardımcıları eklendi.
• Eklenen yöntemler düğüm özelliklerini arama için.
• XPath ifadesi Sabit yürütme:. Şimdi verilen düğümden başlar
• ad sağlandığında (varsayılan dahil) özelliklerini arıyor düzeltildi.
• açıkça ad alanlarını kayıt zorunluluğu olmadan XPath ifadesi çalıştırmak için yeteneği eklendi.
• belgeleri ayrıştırma sırasında hataları ve uyarıları toplamak için kapları sağlamak için yeteneği eklendi.
• düğümün varsayılan niteliklerinin değerlerini ve ad alanları değiştirmek için yeteneği eklendi.
• Eklendi bir nitelik varsayılan olup olmadığını test yeteneği.
• Eklendi dikkate kendi ad alanlarını alırken eklemek veya özellikleri kaldırmak için yeteneği.
• belge kaydedildiğinde XML bildirimi şerit yeteneği eklendi.
• WindowMasker:
• yeni bir giriş biçimi, & quot eklendi; seqids & quot ;; Bu girdi biçimi ile, giriş her satırda bir dizi kimliği içeren bir dosyadır, ve algoritma dizileri bakmak için Bio-Nesne Yöneticisi kullanır.
• Tüm WindowMasker yapılandırma parametrelerini depolamak için, yeni bir sınıf CWinMaskConfig eklendi. sınıf komut satırı argümanları yapılandırma parametrelerini CArgDescriptions için gerekli komut satırı argümanları ekleyin ve sonra almak için kullanılabilir.
• YAPI ÇERÇEVE (UNIX):
• da temin değil, diğer * _PROJ ayarlarını temizlemek için bir ipucu olarak APP_PROJ veya LIB_PROJ komut satırı özelliklere yorumlama. (GNU Make gerektirir;. Güneş ile inşa eskisi gibi çalışmaya devam yapmak)

Alt dizinleri
• Tedarik fazla hedef:. * _F (Üst düzey Makefile.flat sarma), * _fd (talep üzerine üretilen yerel yassı makefiles, ağacın diğer kısımlarına göz ardı bağımlılıkları kullanarak), clean_sources ve purge_sources
• Yapılandırma ve kolaylık komut (derleyiciler / Unix / * sh.):

--without-3psw
• Kayda Değer yeni bayrak -. Değil herhangi bir 3. parti yazılımlar ile kullanmak
• glew bir çek eklendi.

Boost ve OpenGL için
• Geliştirilmiş kontrol eder.
• Modern araç silsilelerinin sistemlerde Darwin (Mac) üzerine çalışma yollarını belirterek Destek.
• ŞOK:

Darwin (Mac OS X)
• , aksi takdirde evrensel nedeniyle PowerPC araç zinciri sınırlamasına oluşturur bile Intel işlemciler için sadece inşa.

NCBI Taksonomi kimlikleri olan WindowMasker desteği mevcut almak için
• desteği eklendi.
• psiblast birden dizi hizalama dosyası ile birlikte bir sorgu dizisi şartname izin verin.
• Eklenenler veritabanı sabit maskeleme desteği.
• eklendi veritabanı tercüme aramalar için yumuşak maskeleme.
• tablo raporunda btop (ŞOK traceback işlemleri) ve sorgu ve konu uzunluğu için destek eklendi.
• Komut satırı uygulamaları - psiblast birden sorguları aramak için izin makeblastdb için opsiyonel -input_type eklendi
• blast2sequences modunda en iyi hit ve XML kullanımına izin verilir.

Uzak aramalar için
• Geliştirilmiş biçimlendirme performans.
• makembindex şimdi ŞOK veritabanında saklanan maskeleme bilgileri kullanarak bir patlama nükleotid veritabanından doğrudan maskeli MegaBLAST endeksi inşa edebilirsiniz. Bu makembindex için yeni komut satırı seçeneği -db_mask tarafından gerçekleştirilir. seçenek ŞOK veritabanı tarafından desteklenen filtreleme algoritması tamsayı kimliği kabul eder. seçenek sadece -iformat blastdb ile bağlantılı olarak uygulanabilir.

Bir patlama veritabanı tarafından desteklenen filtreleme algoritmaları sayısal kimlikleri bulmak bir kullanıcı yardımcı olmak
• bayrak -show_filters tanıtıldı. Bir giriş çıkış makembindex mevcut filtreleme algoritmaları ve çıkış bir listesini neden olarak -iformat blastdb ve ŞOK veritabanı ile bayrağı uygulamak.
• UYGULAMALAR NetCache:
• NetCache aşağıdaki özellikleri içerecek şekilde yeniden işlenmiş olan:
• disk alanı daha iyi yönetimi;
• lekeler ile kilit daha az iş, sürüm yerine kullanılır;
• çoklu bağlantı dinleme ve başına istemci ayarları ayırt.
• NetCache ve ICache API'ler:
• Kullanım Uint8 her yerde damla boyutu için.
• kısmi damla alma izin verin.
• Tanıtıldı damla şifre koruması; Boş şifreleri şifresiz olarak kabul edilir.
• İşçi düğüm API'ler:
• bellek tüketimi belirtilen sınırı aşarsa işçi düğümü sonlandırma için yeni bir parametre (parametre & quot; & quot total_memory_limit;)
.
• kendi çalışma süresi belirtilen sınırı aşarsa işçi düğümü sonlandırma için yeni bir parametre (parametre & quot; & quot total_time_limit;)
.
• Grid UYGULAMALARI:
• netscheduled
• kuyruk silme komutu hiçbir cevap kaynaklanan bir hata düzeltildi.
• remote_app
• Yeni yapılandırma parametresi (& quot; TMP_DIR & quot;). Dizin adı oluşturulur nasıl geçici kontrol etmek - onun uzunluğunu azaltmak için
• blob yazma hatası Log.
• netcache_control
• kısmi damla alma izin verin.
• Yeni komuta -remove kendi kimlikleri ile lekeler silmek için.
• Yeni parametre -auth kullanmak için kimlik doğrulama dizesini belirtmek için.
• Yeni komutlar -reconf ve -reinit NetCache yöneticileri tarafından kullanılmak üzere.
• netschedule_control
• Etkin uyumluluk modu eski işçi düğümler ile netschedule_control iş yapmak için.
• cgi2rcgi.cgi
• ilerleme mesajı için bir yer tutucu olarak boş bir NetCache blob oluşturmak etmeyin.
• kullanıcıya bildirilmektedir Giriş Izgara hataları.
• iş ID parametresi boşluk bırakın.

JSON biçiminde iş durumu bilgilerinin
• Destek çıktı.
• izin özel HTML şablonları GRID hataları ve diğer etkinlikler için tanımlanacak.
• ara sonuçların önbelleğe önlemek için no-cache HTTP başlıklarını eklendi.
• ncfetch.cgi
• Yeni parametre parola korumalı lekeler erişmek için.
• ekstra parametre & quot yorumlayın; dosya & quot; indirilen dosya için bir dosya adı olarak.

31 Aralık 2008 sürümünde yeni nedir:

• Bu sürüm sütun özgü hesaplamak için bir yöntem ekler PSI-BLAST içinde pseudocounts.
• Bu ızgara hizmetleri kütüphane refactors.
• Tüm Dosya API sınıfları için birim test çerçeve ve hata günlüğü ekler.
• Bu IRIX pthread destek giderir. Bu XML serileştirme desteği artırır.
• Bu Sybase için destek giderir.
• Küçük sorguları için küçük arama tabloları için destek ekler.
• Gen Bankası yükleyici istatistiklerini almak için bir API ekler.
• Diğer donanımlar, hızlanma ve onarımları çeşit çeşit olmuştur.