CLC Main Workbench

CLC Birleştirilmiş Çalışma Tezgahının bu 4 haftalık tam işlevli demo, CLC Gen Çalışma Tezgahının tüm DNA dizi analizlerini ve CLC Protein Tezgahının tüm protein dizi analizlerini toplar. Tüm analizler, tek, kullanıcı dostu ve sezgisel bir yazılım uygulamasına tamamen entegredir. Bu sürümde

yenilikler :

Geliştirmeler

• Güncellendi REBASE kısıtlama enzimi listesi. & Nbsp;

• MacOS Sierra üzerinde BLAST çalıştırmada bir sorun giderildi.
• Pfam tarafından bildirilen PFAM bağlantıları & nbsp; güncellendi Domain Search aracı.
• CLC Main Workbench 7.7.2'de RdeGBI'den sonra alfabetik olarak listelenen enzimlerin metilasyon bilgileri eksik olduğu bir sorunu düzeltti
• Çeşitli küçük hata düzeltmeleri.

yenilikler :

İş Akışları

• İş akış çıktıları, artık çıktıları içeren alt klasörler oluşturulacak şekilde yapılandırılabilir.
• İş yeri çıktılarının adlarını tanımlarken yeni yer tutucular kullanılabilir: {user}, {host} ve çıktı nesnesinin zaman damgası unsurları için {year}, {month}, {day}, {hour}, {Minute}, {ikinci}.
• Daha önce yalnızca basamaklı olarak mevcut iş akışı çıktı adları içindeki yer tutucular artık yazılı adlarla belirlenebilir: {name}, {1} için eşanlamlıdır ve {input}, {2} için eşanlamlıdır.
• 
  

  İş akışı çıktı öğelerinde özel adlandırma için {2} yer tutucuyu kullanırken, yalnızca kilidi açık girdi üretilen ada dahil edilecek.

  
  
• 
  

  İş akışının yapılandırılmış tüm parametrelerini gösteren üretilen pdf'de, bir araca veya girdi elemanına bağlı parametreler için girdiler, artık tanımlayıcı öğelerin adlarını listeler. Daha önce, bu öğeler için parametre listeleri boş bırakılmıştır.

  
  
• 
  

  İş akışında bir araç adı değiştirildiğinde, iş akışı parametrelerini dışa aktarırken orijinal ad artık değiştirilen adın yanında yer alıyor.

• 
  

  İş akışı kullanılarak oluşturulan veri öğelerinin Geçmiş görünümü, artık bunları oluşturan iş akışı hakkında bilgi içerir.

  
  
• İş Akışı "Eleman Ekle" menüsündeki araçların sırası, Tezgah Alet Kutusu menüsündeki sırayla eşleşiyor.
• Kullanıcıya iş akışı unsurlarının konfigürasyonu nedeniyle ihmal edilecek girdileri tanımlamasına yardımcı olmak için iş akışı doğrulamasının iyileştirilmesi.

& nbsp;


Başlatmak

& nbsp;

• Hızlı Başlatma aracı şimdi Görünüm menüsü yerine Araç Kutusu menüsünün altında bulunur ve bu aracı getiren Başlatma adlı bir düğme araç çubuğuna eklenmiştir.

• Analizler artık bir öğenin seçerek, fareyle sağ tıklayıp görünen bağlam menüsü arasında dolaşarak Yerel Arama'nın sonuçlar tablosunda listelenen veri öğeleri üzerinde başlatılabilir.

  
  

& nbsp;


Meta veri

& nbsp;


Seçilen veri öğelerinden meta veri ilişkilerini kaldırmak için & nbsp; "& nbsp; İlişki (ler) i Kaldır" seçeneği, sağdaki tıklama bağlam menüsünde Meta Veri Öğeleri görünümünde günaha eklendi.

• Metadata Find Associated Data (İlişkili Verileri Bul) görünümünde, birden çok satır seçildiğinde, Bul'u Gezinme Bölgesinde kullanmak da mümkündür.

  
  
• Formüller içeren bir e-tablodan meta verileri içe aktarırken, formülün (Excel'de gösterildiği gibi) sonucu şimdi formülden ziyade içe aktarılır.

& nbsp;


Genel

• Tüm NCBI sunucu iletişimi şimdi şifrelenmiştir. (NCBI, tüm web hizmetlerini 30 Eylül 2016'da HTTPS protokolüne taşıyacak). & Nbsp;

  
  

• Tezgaha önceden kurulmuş enzimlerin listesi & nbsp; REBASE'den güncellendi.

  
  

• "listede yok" seçeneği yeni bir tablo filtreleme seçeneği olarak tanıtıldı.

  
  

• Oku grup ayrıntıları artık sekans listelerinin Öğe Bilgileri görünümünde gösterilir.

  
  

• GenBank içe aktarımı artık 'GBFF' uzantılı dosya adlarına da izin verir.

  
  

• "Klasör sırala" aracı, bir sayı öneki dosya adları için sayısal sıralama kullanıyor.

• Dışa aktarma çıktılarının adlarını tanımlarken yeni yer tutucular kullanılabilir: & nbsp; {User}, & nbsp; {host} ve çıktı nesnesinin zaman damgası öğeleri için {year}, & nbsp; {month}, & nbsp; {day}, & nbsp; {hour, & nbsp; {minute} & nbsp; & nbsp; {Saniye}. & Nbsp;
• Daha önce yalnızca rakam olarak mevcut olan dışa aktarma çıktı adlarındaki yer tutucular artık yazılı isimler kullanılarak belirlenebilir: {input}, {1} için eşanlamlıdır, {uzantı} {2} ile eşanlamlıdır ve {sayaç} bir {3} ile eşanlamlı.

7.7.1 sürümünde

yenilikler :

• Başlatılma işlemi sırasında belirtilen önceden tanımlı, sabit giriş değişiklikleri uygulanmadığında çoklu girdileri içeren iş akışlarını toplu olarak yürütürken ortaya çıkan bir sorun giderildi.
• Motif Arama aracının tüm eşleşme hassasiyetlerini% 0 veya% 100 olarak yanlış rapor ettiği bir sorunu düzeltti.
• Kaydederken bir klasörü sıralamanın bir hata tetikleyebileceği bir sorunu çözdü.
• Temel dosya veya veri konumuyla ilgili sorunlarla karşılaşıldığında hata götüren bir toplu iş modu iletişim kutusu hatası düzeltildi.

7.7 sürümünde

yenilikler :

Meta Verileri İçe Aktar - basit ve kolay meta veri aktarımı. Bu araç, Meta Veri Tablosu Düzenleyicisinde bulunan araçları ekler.


7.6.4 sürümünde

yenilikler :

Hata düzeltmeleri
• NCB'deki dizileri aracıyla "Şu sıralar doğru şekilde indirilmedi." Hata mesajıyla birlikte nükleotid dizileri indirilemediğinde bir hata düzeltildi.
• Protein Raporu Oluşturma aracının NCBI adımında BLAST ile ilgili bir sorun düzeltildi.
• Verilen veriler orijinal olarak VCF dosyalarından içe aktarılmış ve QUAL alanındaki değerler tamsayı olan VCF dışa aktarma işlemi sırasında bir hataya neden olan bir sorunu çözdü. & Nbsp;
• Kayan nokta (ondalık) sayıların VCF & nbsp; biçimine aktarılması daha önce belirtilen yerel ayara bağlıydı. & Nbsp; ondalık ayırıcının & nbsp; artık her zaman bir nokta olacağı şekilde düzeltildi.
• Otomatik meta veri ilişkilendirmesi yaparken, günlüğü hangi meta veri satırlarının hiçbir veri ile ilişkilendirilmediğini şimdi gösterir.
• Meta veri elle bilgisinin Workbench'ten erişilmesini engelleyen bir hata düzeltildi.
• CLC Sunucusunda saklanan bir meta veri tablosunu kullanarak otomatik ilişkilendirmenin başarısız olacağı bir hata düzeltildi.
• Otomatik meta veri ilişkilendirmesi, artık veri adlarının önekine dayalı olarak ilişkilendirme işlemini yerine getiriyor ve tüm veri adına tam olarak uyuyor.
• Bir meta veri tablosunda, satırların veri öğeleri ile manuel olarak ilişkilendirilmesi için artık bir anahtar sütun gerekmiyor.
• İş akışı çıktılarının yapılandırmasında önceden görülen meta veri rollerini geçersiz kılma seçeneği kaldırıldı.
• Bir Workbench Data Location, bir klasör yerine bir dosyayı işaret ettiğinde bir hata oluştu. Şimdi, Tezgah Gezintisi alanında kullanılamayacak gibi görünecektir.
• İş akışlarını yapılandırırken ve yürütürken tüm parametreler için ipuçları etkinleştirildi.
• Şimdi, bir Workbench'ten CLC Sunucusuna giriş işlemi bir clc URL'si açılmadan önce tamamlanmalıdır.
• Workbench'in clc: // URL'ler için özel bir protokol işleyicisi olarak tanınmadığı Mac'lerde bir sorunu düzeltin.
• Çift tıklama ile düzenleyici görünümünü değiştirerek tetiklenebilir nadir bulunan bir istisna çözümlendi.

7.6.3 sürümünde

yenilikler :

Yeni özellikler ve geliştirmeler

• Seçili öğeler üzerinde toplu iş yapmak artık mümkün: seçilen klasörlerle sınırlı tutuluyordu.
• NCBI aracında Dizileri Ara özelliğini kullanırken artık bir kişi veritabanı olarak "EST" yi seçebilir.
• Örneklerin Hiyerarşik Kümelemesi aracı artık iş akışlarının bir parçası olarak ve sunucu üzerinde yürütülebilir.
• Büyük rapor öğelerini işlerken geliştirilmiş bellek yönetimi.
• Filogenetik ağaçların yaprakları üzerindeki araç ipuçları, şimdi eklenen dizinin bir açıklaması görüntüler.
• "İş Akışının Açık Kopyalamasını" kullanarak bir İş Akışının bir kopyasını oluştururken, İş Akışı öğelerinin adlarına artık sayı eklenmemektedir.
• Meta Veri Yönetimi. Giriş dosyalarını takip edin ve örnekleriniz için meta bilgileri içe aktarın.

Hata düzeltmeleri

• Üçüncü taraf lisanslı bir eklenti yüklerken Workbench'te bir hata iletisi görüntülenecek yerlerde nadir bulunan bir sorun giderildi.
• Blast sonuç tablolarında bir girdi seçildiğinde, tablo filtrelendiğinde veya sıralanırsa Blast düzenleyicisinde yanlış hizalanması vurgulanabilir.
• Tasarım Astarları düzenleyicisinde bir açıklamanın tıklanmasının hata mesajı verebileceği bir sorun düzeltildi.
• Döngüsel sekansın uçlarını kapsayan ek açıklamaların Yuvarlak Dizil Görüntüleme'ye yanlış yerleştirileceği bir sorunu çözdü.
• Etiketlerin radyal olarak oluşturulmasıyla birlikte belirli diziler dairesel görünümde gösterildiğinde, tezgahın donmasına neden olan bir hata düzeltildi.
• Bazı durumlarda yanlış verilen yazarlara verilen düzeltilmiş ihlal edilen raporlar.
• Kutu Oluşturma ve Temel Bileşen Analizi Oluşturma'nın bazen geçersiz bağımsız değişkenlerle çalıştırılarak bir hata iletisine neden olabileceği bir sorunu düzeltti.
• Ters Tespit Sırası aracının çıktısı -RC'nin önce -1 yerine girdi adına eklenen son ekini alır.
• Bölme işlevini hesaplama seçeneği uzun moleküller (> 1000 nükleotid) için seçildiğinde, İkincil Yapısı Tahmini aracında bir hata düzeltildi.
• Çok büyük iş akışlarında tamamen uzaklaştırdıktan sonra birinin yakınlaşamadığı bir sorunu çözdü.
• Windows sürücülerinde bir kök klasörün Dosya Konumu olarak kullanılmasını engelleyen bir sorun düzeltildi.
• Windows'ta varolan bir yüklemenin güncellenmesi .vmoptions dosyasının silinmesine ve Workbench'in varsayılan Java yapılandırmasıyla çalışmasına neden olacak bir sorunu gidermişti.

7.6.2 sürümünde

yenilikler :

Hata düzeltmeleri
• Java sorununun etrafında, zaman zaman Workbench'in bilgilendirici olmayan bir hata görüntüleyip çalışma- ya devam etmek için yeniden başlatılmasını gerektiren bir çalışma eklendi.
• BLAST'ın NCBI'da çalıştırılmasıyla NCBI tarafından üretilen bir CPU kullanımı sınırı aşan bir hatanın aşılması sorunu düzeltildi ve şeffaf bir şekilde rapor edilmedi ve bunun yerine "hayır isabeti" sonucu rapor edildi.
• İndirilen dosyaların BLAST'tan temizlenemediği durumlarda bir istisnadan kaçınmak için bir düzeltme uygulandı.
• Ters Çevir aracı, kodon frekans tablolarında belirtilen herhangi bir genetik kodu göz ardı etti. Tüm ters tercüme standart genetik koda dönüşecektir.
• Veri ile birlikte bir iş akışı yüklerken, verileri depolamak için salt okunur bir klasör seçmek artık mümkün değildir.
• Klasör Editöründen veya Yerel Arama Editör'den öğeleri dışa aktarırken "Desteklenen biçim" in yanlış görüntülenmesi.
• Yerel Arama Editörü aracılığıyla bulunan bir dosyayı düzenlerken olası yanlış dosyaların düzeltilmesi.
• Raporların içindeki arsalar artık kaydedilmiş yan panel ayarlarıyla gösteriliyor.
• Yan panel üzerinden alanlarda farklı çizgi renklerini kaydetmeyi düzeltti.
• 10'dan fazla örnek içeren bir arsa için efsaneleri göstermek için yan panel seçeneği artık etkinleştirildi.
• Boş veri kümeleri için çizikler oluştururken bir hataya neden olan bir sorun giderildi.
• "Geri Dönüşüm Kutusu'nu Boşalt" seçeneğinin bazen yanlışlıkla kullanılamadığı bir sorunu düzeltti.

7.6.1 sürümünde

yenilikler :


Yeni özellikler ve iyileştirmeler
• GTF ihracatçısı artık Ana Tezgah tarafından kullanılabilir.
• Transkriptomik deneme ve örnek tablolar artık çok sayıda satır olsa bile sıralanabiliyor.
• Geliştirilmiş Excel, HTML ve sekmeyle ayrılmış dışa aktarma seçenekleri (yalnızca ihtiyacınız olan ek açıklamalar / sütunları seçin).

Hata düzeltmeleri
• Klonlama düzenleyicisinde "Kesme Sırası Seçimi Öncesi / Sonrası" aracını etkileyen bir hata düzeltildi.
• Soldaki tıklamanın ardından sağ tıklamanın ardından bulunduğu sabit hata, OS X'te (kalıcılık arama sonucu listesinde, araç kutusu ağacında ve iş akışı düzenleyicisinde) çift tıklama olarak yorumlandı.

7.6 sürümünde

yenilikler :

Yeni özellikler ve iyileştirmeler
• Parçalar:
  • Varyant izlerini ve ek açıklama parçalarını ekstra tablo sütunlarıyla zenginleştirirken tutarlı çıktılar. Bu araçlardan çıkan çıkış parçaları aynı sayıda eklenen tablo sütununa sahip ve sütunlar daima aynı sırayla olacak. Daha önce, eklenen bir sütun tüm varyant satırlar için boş değerler içeriyorsa, aynı araçlara / iş akışlarına birden fazla numune işlendiğinde, sayı ve göreli sıradaki ek sütunlarla sonuçlanan, son tablodan kaldırılmış olurdu. Dışa aktarılan tabloların aşağı akış işlemesini kolaylaştırmak ve hangi zenginleştirme / açıklama araçlarının uygulanmış olduğu konusunda, belirli bir numune için herhangi bir sonuç vermemiş olsalar dahi, hemen tüm görsel referanslar sağlayarak, şimdi tüm sütunlar saklanır.
  • Varyant pistleri ve açıklamalar parçaları için tablolar artık sütunları birden çok sayı içeren hücrelerle sıralayabilir ve filtreleyebilir.
  • Varyantlardaki iz göstericisini, oluşturulan varyant üzerinde dizi değişikliklerini gösterecek şekilde geliştirildi.
  • Grafik puanlarında y = 0 (beklendiği gibi) yukarı doğru dolu negatif değerler gösteriliyor.
  • Tablonun CSV'ye, sekmeyle ayrılmış metinlere ve Excel'e gönderilirken sayıların basamakları artar.
  • Düşük disk alanıyla ilgili hataların gelişmiş raporlanması.
  
  

7.5.1 sürümünde

yenilikler :

• İsteğe bağlı bir girdi olmadan bir iş akışını çalıştırmak artık mümkün.
• AAC aracı, 3 'UTR'deki varyantları, DNA düzeyindeki değişikliği ile HGVS c.xxx biçimini kullanarak açıklama yapmadı. Bu, eski versonsal ENSEMBL CDS parçalarını temel alan Gx 7.5 veya önceki sürümlerle yapılan analizleri etkiler. AAC analizi, doğru ek açıklama için Gx 7.5.1'i kullanarak tekrar yapılmalıdır.
• Pfam filtreleme hatası düzeltildi. Daha önce Pfam yalnızca bir sorgudaki her türdeki ilk alan adını bildirmiş ve sonuç olarak birçok alan kaçırılmıştır. Araştırma Pfam ek açıklamalarına dayanan kullanıcıların, aracı verileri yeniden çalıştırmalarını öneririz.
• Belirli giriş hizalamaları için önyükleme değerleri oluştururken başarısız olan 'Maksimum Olabilirlik Filogenezi' aracında bir hata düzeltildi.
• Nesneleri araç sihirbazlarında parametre olarak seçerken ilgili dosyalara kaydırma ile ilgili sorun giderildi.
• Blast metni sonuçları iyileştirilerek doğru sorgu ve konu konumları ipinden bağımsız olarak gösterilir.
• Bunları CLC Sunucusunda çalıştırmayı seçerken BLAST operasyonlarını engelleyen bir problem düzeltildi.
• İsteğe bağlı bir girdi olmadan bir iş akışını çalıştırmak artık mümkün.
11 Nov 16 Içinde Eğitim & Bilim yazılım, Bilim yazılım