Marvin

Marvin projesi, çizim görüntüleme ve kimyasal yapıları, altyapılarını ve reaksiyonları tanımlamak için Java araçları bir koleksiyon sunuyor.
Marvin kolayca masaüstü yüklü ve sorunsuz bir şekilde Uygulama Programlama Arayüzü (API) üzerinden web sayfaları ve üçüncü parti uygulamaları entegre edilebilir.
Marvin ailesi aşağıdaki araçlardan oluşmaktadır:
* MarvinSketch
* MarvinView
* MarvinSpace
* MolConverter

Uygulamaları veya Fasulye?
Marvin kullanıma bağlı olarak iki paket halinde mevcuttur:
* Web geliştirici için Marvin Appletleri
* Ecza masaüstü için ve yazılım geliştirici için Marvin Fasulye.
Marvin Applets çoğu tarayıcı (Internet Explorer, Firefox, Safari, Opera, vb) Onlar JavaScript / erişimi sunan ve uygulaması parametreleri ile özelleştirilebilir ile uyumlu kimyasal web sayfaları oluşturmak için araçlar vardır.
Marvin Fasulye herhangi bir Java uygulama içine Marvin yetenekleri entegre kolayca kurulabilen masaüstü uygulamaları ve araçlar

Bu sürümdeki yeni nedir:.

• MarvinSketch:

Chemicalize.org
• Kamu veritabanı arama.
• imkanı MarvinSketch ligand sırasını değiştirmek için.
• Sis etkisi çeşitli şekillerde kontrol edilebilir:
• Otomatik sis-etkisini kapatmak için sis-etkisi gücünü ve onay kutusunu ayarlamak için Skeç / Görünüm GUI Tercihler iletişim kutusunun Görüntü sekmesinde bir kaydırıcı var.
• Uygulaması ve fasulye parametreleri tanıtıldı: fogFactor, automaticFogEnabled. (Forum konusu).
• bir grup eki noktasına takılması otomatik artık Sgroup grubunu çözmeniz değildir.
• S-grup içeriğinin belirlenmesi:. Çoklu ve jenerik S-gruplar parantez geçen tahvil arasındaki tüm alt grafiğini içermek zorunda
• S-grup içeriğinin Güncelleme braket pozisyonları değiştirirseniz: parantez veya yapı ya taşınır
.
• S-grup gömme ve örtüşme molekül tutarlılık kontrolleri kontrol edilir.

Ithalat SMARTS
• çift bağ (forum konusu) ile alifatik karbon destekler.
• ithalat / ihracat allenler destekler SMILES.

(; Dekstrometorfan hidrobromid & quot; örneğin & quot)
• büyük bir bileşik içindeki parçaları geleneksel adı oluşturun.
• CAS numarası dönüşüm için destek.
• DocumentExtractor (eksik virgül, parantez misrecognized tipi, fazladan boşluk, ...) geliştirilmiş OCR hata düzeltme.
• PDF belgeleri Belge Extractor şimdi hit sayfa numarasını verir.
• yapı-name-ve ad-yapı içinde ortak isimler için geliştirilmiş destek. isim ithalat için genel destek ortak için% 5 civarında ve sistematik adları için% 10 artmıştır. Dönüşüm hızı yaklaşık% 20 oranında artmıştır.

Windows için
• JChem ve Marvin Fasulye montajcılar da cygwin için shell script ayıklayın.
• Bemis-Murcko çerçeveler exocycyclic grupları Koru.
• Halojen numaralandırma sırasında birden fazla bağlantı olabilir.
• Aromatik bağlar homoloji özelliği kontrolü için çift bağların sayısını hesaplarken dikkate alınır.
• Kement seçim modu MSketchPane (forum konusu) varsayılan olarak ayarlanabilir.
• yeni bir işlev, isChiral TopologyAnalyzer eklenmiştir.
• Yeni chmical Şartlar fonksiyonları: isQuery (), fieldAsString ()
.
• Bugfixes:

Bir grup oluşturarak grafik değişmez değişim sayısı (forum konusu) artmadı çünkü
• Ad kutusu grubu oluşturulduktan sonra güncellenmiş değil.
• MarvinSketch uygulaması anlamak & quot etmedi; - {name} & quot; Komut satırı parametresi.
• zaman Yapısı & gt; Online menü yapısı bul Linux altında çağrılan, varsayılan tarayıcı sonucu (forum konusu) görüntülemek için tespit edilemedi.

Sıkıştırılmamış versiyonu önbelleğinde depolanan eğer
• java önbellek isotopes.data dosyasının yüklenmesi başarısız (yani Sıkıştırmayı açma sunucusu tarafından otomatik olarak yapılır, ve değil Marvin tarafından eğer). Forum konu, dokümantasyon.
• Grafik nesneleri Geometri Plugin sonuç penceresinde görüntülenir değil.

Elektron akışı ok
• vurgulayarak mavi kutu (forum konusu) kaçırılan.
• tanımları silindi olsaydı ligand sipariş iskele görüntülenen değildi, olsa bile & quot; Her zaman & quot; görüntüleme seçeneği quot & için kuruldu; Ligand Siparişleri & quot; tercihleri ​​iletişim kutusunda.
• çok merkezli atomun Endeksi bir R-grubuna bağlı ise MDL Mol biçime ihracat sonra bozuk oldu.
• Ok Mrv ithalat / ihracat (forum konusu) sırasında hasar gördü dikdörtgenler sıkışmış.
• 1 harfli peptid İthalat tek Histidinden (forum konusu) başarısız.
• Örtülü hidrojenler skc ithal yoluyla eksik.
• MolAtom ve null özellik değeri ihraç değildi / Mrv biçiminde ithal.

Belirli SMARTS ithal olarak
• Yanlış bağ türü yerine tek veya aromatik bağ tespit edildi.

ChemDraw'a çizilen CDX dosyaları ithal
• Bazı parantez yanlış yöne sergilendi.

.
• ihracat SMARTS: bir aromatik halkanın 1-atomu tek bağ komşusu yerine tek / aromatik
tek bağ olarak ihraç edildi
• SMARTS biçiminde bağlantı düğümünün ve R-gruplarla sorguları İhracat yanlış.
• H atomu işleme SMARTS ifadelerde belirsiz oldu.
• Mol dosya açıklama alanı ithalat başarısız oldu.
• belli SMILES İthal yanlış (forum konusu) idi.
• şablon bir halka (ya da halka sisteminin) bir parçası olarak hedef bulunabilir bir zincir parçası, biz şablon kısmını görmezden gelin içeriyorsa.
• Clean3D Güzel Hydrogenize ile seçeneği otomatik olarak S-gruplarını ungroup vermedi (forum konusu).
• Molecule.contractSgroups () molekülü koordinatlarını (forum konusu).
berbat
• Açık hidrojen düzgün Sis / Trans stereokimya hesaplamasında dikkate alınmamıştır.
• Tatomer jeneratör bazı durumlarda ArrayIndexOutOfBoundsException attı.
• homoloji numaralandırma bazı VMN girişi için tutarsız molekülleri üretti.
• Yanlış şarj CovalentCounterion fixer uyguladıktan sonra sayılır.
• StructureChecker komut satırı günlük çıkış biçimi sihirbazı çıkış biçimi farklıydı.
• ChiralFlagErrorChecker doğru kiraliteyi ele vermedi. Bunun yerine parite verilerinden kiraliteyi hesaplanması, bu TopologyAnalyser ve isChiral yöntemine dayalı bir uygulama kullanılır.

yanlış elektron akışı okları sürümü 5.4.0.1:

• Highlighting yeni 'oldu nedir, baz veya bitiş noktası bir bağ (forum konusu) idi.
• Serileştirilmiş menü yapılandırma işe yaramadı.
• çok merkezli atomun endeksi yanlış R-grup çok merkezli atom (pozisyon değişimi bağlar) bağlı olduğu yapıların durumunda MDL Molfile ihracat sırasında oluşturuldu.
• Örtülü hidrojen ISIS / SYMYX Sketch dosya biçimi (SKC dosya biçimi) yapıların ithalat veya yapıştırdıktan sonra atomu eksik.
• ChemDraw'a eski sürümleri ihraç döndürülmüş grafik nesneler dahil olmak üzere CDX dosyaları alınamadı.
• Tatomer hesaplama
• Genel tatomer bazı durumlarda yeterince benzersiz değildi. Düzeltme nedeniyle, genel tatomer aromatik formu sağlanır.
• Canoncical tatomer hesaplama nedeniyle dearomatization sabitlenmesine için geliştirilmiştir.

Kama bağı ile bağlı açık hidrojenlerle
• Bazı yapılar jenerik totomerizasyonu sırasında bir istisna verdi.
• Cilt hesaplama cxcalc eksikti.
• Yapı Checker yerine yanlış yapılandırma dosyası görmezden NullPointerException attı.

sürüm 5.1.03.2:

• IUPAC Adı ithalat yeni nedir: yapılarına IUPAC isimleri dönüştürme.
• OLE 2 Destek:. MarvinSketch MS Office belgeleri içine nesneleri yapıştırma geliştirilmiş destek
• Kimyasal Şartları:. Komut satırı, API Marvin temin ve (uygulamalar içinde) Java komut kullanılabilir
• MarvinSketch ve MarvinView başlatma başlangıçta, bağımsız sürümü hem Hızlandırılmış, ve diğer uygulamalarda uygulanan bileşen olarak.

Gereksinimler :

• Java 2 Standard Edition Runtime Environment