BioJava

Bu ortak dosya biçimleri için analitik ve istatistik rutinleri, ayrıştırıcıları sağlar ve dizileri ve 3D yapıların manipülasyon.

BioJava biyoinformatik dünyadaki Java'nın olanaklarını keşfetmek için bir araçtır

Bu sürümdeki yeni nedir.

• Tutarlı hata günlüğü. SLF4J günlüğü için kullanılan ve tüm önemli günlük uygulamaları için adaptörler sağlar.

istisnalar
• geliştirildi.
• kaldırıldı kaldırılmış yöntemler.
• BioJava öğretici Genişletilmiş.
• Güncel bağımlılıkları durumlarda.

Maven Central Temin
• .

sürümünde 4.0.0 yeni Nedir:

• Tutarlı hata günlüğü. SLF4J günlüğü için kullanılan ve tüm önemli günlük uygulamaları için adaptörler sağlar.

istisnalar
• geliştirildi.
• kaldırıldı kaldırılmış yöntemler.
• BioJava öğretici Genişletilmiş.
• Güncel bağımlılıkları durumlarda.

Maven Central Temin
• .

nedir sürümü 3.1.0 Yeni

• Yeni Özellikler:
• ek parametreler ile CE-CP sürüm 1.4,
• Kapsam 2.04 güncelleyin
• ayrıştırma fastq İyileştirmeler

ayrıştırma PDB
• Fix hata
• yapı hizalamalara minör düzeltmeler

sürümünde 3.0.8 yeni Nedir:

• Yeni
• Gen yazar
• UCSC gelen Karyotip dosyası için Ayrıştırıcı
• UCSC Gene yerleri için Ayrıştırıcı
• Gen adları için Ayrıştırıcı genenames.org dosyasını
• sağkalım analizi için Cox regresyon kodu Modülü
• erişilebilir yüzey alanının hesaplanması (ASA)
• .OBO dosyalarını ayrıştırma için Modülü (ontologies)
• Geliştirilmiş:
• SCOP ve Berkeley-SCOP sınıflandırmaları Temsil

sürümünde 3.0.7 yeni Nedir:

• temel genbank ayrıştırıcı Eklenenler
.
N kodonları çeviri yaparken
• bir sorun düzeltildi.
• Şimdi protein yapıları tahvil algılayın.
• organizmanın ve sentezleme sistemi için mmcif kayıtları ayrıştırmak için destek eklendi.
• Birçok küçük hata düzeltmeleri ve geliştirmeler.

sürümünde 3.0.6 yeni Nedir:

• Geliştirme at GitHub taşındı: https: // github.com/biojava/biojava

sürümünde 3.0.5 yeni nedir.

• CATH sınıflandırma için yeni ayrıştırıcı
• Stockholm dosya biçimi için yeni ayrıştırıcı.
• protein yapılarının biyolojik meclislerinin önemli ölçüde geliştirilmiş gösterimi. Şimdi asimetrik birimin biyolojik derlemeyi yeniden oluşturabilirsiniz.
• Çeşitli hata düzeltmeleri.

3.0.4 Yeni nedir:

Bu sorunları ele ağırlıklı bir hata düzeltme sürümü

• olan protein yapısı ve bozuklukları modülleri.
• Bir yeni özellik:. SCOP verileri artık ya İngiltere veya Berkeley sürümü orijinal SCOP sitesinden ulaşılabilir

sürümünde 3.0.3 yeni Nedir:

• web hizmeti modülüne önemli gelişmeler (NCBI patlama ve HMMER web hizmetleri).
• & quot; Yeni & quot; (sürüm 3 biojava 1 serisinden taşıdık) fastq ayrıştırıcı.
• UniProt eşleme sifts-PDB için destek.
• Protmod modülü modfinder olarak değiştirildi.

sürümünde 3.0.2 yeni Nedir:

• protein yapısı: Protein etki Geliştirilmiş kullanım: Hemen SCOP destekler. Protein Alan Ayrıştırıcı dayalı protein etki otomatik tahmini, yeni işlevsellik.
• birçok diğer modüller iyileştirmeler ve hata düzeltmeleri.
• biojava3-aa-prop: Bu yeni modül fiziko kimyasal ve protein dizilerinin diğer özellikleri hesaplama sağlar
.
• biojava3-protein-bozukluk: Proteinlerin bozukluğu bölgelerin öngörülmesi için yeni bir modül. RONN belirleyicisi bir Java uygulaması dayalı bu.

nedir sürümü 3.0.1 Yeni

• 3.0.1 sürümüdür ağırlıklı bir hata düzeltme biojava kod tabanının önemli bir yeniden yazmak sağladı yayımlanan son 3.0 için bırakın.

Gereksinimleri

• Java 1.6 veya daha yüksek