edittag

edittag platforma özel sıralama adaptörleri ve PCR primerleri dizisi etiketleri, düzenleme metrik dizi etiketleri setleri tasarımı düzenleme metrik uyum için dizi etiketleri kontrol ve entegre bir uygulama koleksiyon. edittag diğer yaklaşımlardan farklıdır:
& Nbsp; * edittag çoklu işlem kullanılarak makul zaman dilimlerinde düzenleme-metrik dizi etiketleri keyfi uzunlukları üretir
& Nbsp; * edittag düzenleme metrik dizi etiketi setleri seçilen düzenlemek mesafesi uygun üretir
& Nbsp; * edittag kullanılan Primer3 PCR primerlerinin dizi etiketleri entegre
Biz aşağıdaki biçimlerde edittag kullanılarak tasarlanmış düzenlemek metrik dizi etiketleri birkaç büyük setleri sağlar:
& Nbsp; * Metin - Bu dosya check_levenshtien_distance.py için uygun formatında
& Nbsp; * csv
& Nbsp; * sqlite veritabanı
Atıf
Faircloth M.Ö., Glenn TC. Düzenleme-metrik dizi kimlik Büyük setleri
kitlesel okur etiketler büyük ölçekli çoğullama kolaylaştırmak için
Paralel sıralama. doi_
Kurulum:
easy_install
easy_install edittag
tar.gz
wget package.tar.gz
tar -xzf package.tar.gz
piton setup.py install
depo
git clone git: //github.com/baddna/edittag.git edittag
İsteğe bağlı paket (py-Levenshtein)
wget http://pylevenshtein.googlecode.com/files/python-Levenshtein-0.10.1.tar.bz2
tar -xzvf python-Levenshtein-0.10.1.tar.bz2
piton setup.py install
İsteğe bağlı paket (Primer3)
Düzenleme metrik dizi etiketleri içeren primerler dizayn etmek istiyorsanız, ilk önce Primer3 değiştirilmiş bir sürümü yüklemeniz gerekir:
git clone git: //github.com/baddna/mod-primer3.git
cd mod-Primer3 / src
yapmak
make install
Eğer yolunuz bir konuma mod-Primer3 gelen ikililer taşımak emin olun (en az Primer3 uzun hareket ve yolda aynı dizine primer3_config). Daha sonra çalıştırabilirsiniz

Gereksinimler :

• Python
• NumPy
• Levenshtein
• mod-Primer3