Burrows-Wheeler Aligner (BWA) gibi insan genomunun gibi uzun bir referans dizisi karşı nispeten kısa nükleotid dizileri hizalar verimli bir program.
Yazılım iki algoritmaları, bwa kısa ve BWA-SW uygular. Sorgu için eski eserler 200 bp'lik daha kısa ve yaklaşık 100kbp kadar uzun dizileri için ikinci dizileri.
Her iki algoritmalar boşluklu hizalama yapmak. Bunlar genellikle daha hassas ve daha hızlı, düşük hata oranları ile sorguları vardır. Daha fazla bilgi için İKD kılavuz sayfasına bakınız.
İKD 454 okur? Hizaya mı
& Nbsp; hayır ve evet. İKD'nin BWA-GB bileşeni yaklaşık 200 bp'lik veya daha uzun okur iyi 454 çalışır. Bu çok daha hızlı iken SSAHA2 benzer hizalama hassasiyeti ulaşır. Kısa okur için BWA-SW de çalışır, ancak hassasiyet düşüktür. Buna ek olarak, BWA-SW eşleştirilmiş-uç hizalama desteklemiyor.
Hizada nedir maksimum sorgu sırası uzunluğu?
& Nbsp; Bu 200 bp'lik daha kısa okur sadece bwa kısa kullanmanız tavsiye edilir. Prensip olarak bir kaç kbç sorgusu kadar için bwa kısa eserler rağmen, performansı düşer. Uzun okur için, BWA-SW iyidir.
& Nbsp; İKD-SW bileşeni insan genomu karşı BAC dizisi (yaklaşık 150kbp) hale getirebilirsiniz. Zaman birimi başına hizalanmış bazlar açısından hızı 1kbp okuma hizalama hızına yakındır. Prensip olarak, BWA-GB benzer bir hızda birkaç Mbp sorgu sırasını hizalamak gerekir, ama ben denemedim.
sıralama hatalarının toleransı nedir?
& Nbsp; Bwa kısa temel olarak% 2'nin altında dizileme hata oranları için tasarlanmıştır. Kullanıcıların ayar komut satırı seçenekleri ile daha fazla hata tolere bunu sormak rağmen, performansı hızla parçalanır. Illumina okur için, bwa kısa isteğe böylece uyum önce 3'-ucundan düşük kaliteli üsleri Döşeme ve unutmayın daha Illumina verilerine tipik kuyruk yüksek hata oranı ile okur hale yapabiliyor.
& Nbsp; İKD-SW uzun hizalama verilen fazla hata yumuyor. Simülasyon İKD'nin-SW 1000bp veya daha fazla hizalama için bir 100bp hizalama,% 3 hatası, bir 200 bp'lik için, 500bp için% 5 ve% 10 de verilen% 2 hata çalışabilir göstermektedir.
İKD kimerik bulmak mı okur?
& Nbsp; Evet, BWA-SW bileşeni chimera bulmak mümkün. İKD genellikle okuma her biri için bir uyum raporları, ancak çıkış olabilir, iki veya daha fazla diziler okuma / contiglere bir kuruntu ise.
MAQ gibi İKD çağrı SNP mu?
& Nbsp; Hayır, İKD sadece hizalama yapar. Bununla birlikte, bu tür samtools ve GATK gibi birçok jenerik SNP arayanlar tarafından desteklenen SAM formatında hizalamalarını çıktılar.
Bir çift bir okuma yüksek haritalama kalitesi bakın, ancak diğer okuma sıfır sahiptir. Bu doğru mudur?
& Nbsp; Bu doğru. Haritalama kalitesi değil, bir okuma çifti için, bireysel okuma için atanır. Bu bir okuma net bir şekilde eşlenebilir mümkündür, ancak onun arkadaşı bir tandom tekrarı düşer ve böylece doğru pozisyon tespit edilemez.
salt bir kromozomun sonuna sıyrılıyor ve bağlanılmayan (bayrak 0x4) olarak işaretlenir bakın. Ne oluyor burada?
& Nbsp; Yerinden BWA uzun bir dizi içine bütün referans dizileri birleştirir. Bir okuma iki komşu referans dizilerinin kavşak eşlenmiş olabilir. Bu durumda, İKD bağlanılmayan olarak bayrak okuyacak, ancak konumu, puro ve tüm etiketleri göreceksiniz. Daha iyi bir çözüm alternatif bir pozisyon seçin veya sonunda dışarı uyum Döşeme olacaktır, ama bu programlama oldukça karmaşık ve şu anda uygulanmadı.
toplam? 4GB daha uzun referans dizileri üzerinde İKD çalışır mı
& Nbsp; Hayır, bu mümkün değildir ve nedeniyle ilgili teknik karmaşıklığı yakın gelecekte destek verilmeyecektir.
Hatalar
Boş bir dize eki dizisi aralığı gerekir [0, n-1] n, veritabanı dize uzunluğu değil, [1, n-1] Li ve Durbin (2009 ve 2010) belirtildiği gibi olduğu. Buna karşılık, biz O define (a, -1) 0 = ve Li ve Durbin (2009), Şekil 3'te pseudocode revize etmek gerekiyor. İKD uygulaması aslında doğru. hata sadece kağıt oluşur. Biz karışıklık için özür dileriz ve bu işaret için Nils Homer ve Abel Antonio Carrion Collado teşekkür
Bu sürümde Yeni nedir:.
- Bugfix:. XA etiketi alternatif hit çoğaltılamaz
- Bugfix: etkin süsleme yaparken, bwa-aln düzeltir az 1BP .
- Engelli renk uzayı hizalama. 0.6.x'dan katı şu anda okur çalışmıyor.
- Bugfix:. Aşırı belirsiz üslerine segfault
- Bugfix:. SE modunda yanlış arkadaşı pozisyonu
- Bugfix: PE modunda nadir segfault
- makro _NO_SSE2 kullanımda olduğunda, geri standart Smith-Waterman düşmek
- .
- İsteğe bağlı işareti bölünmüş ikincil olarak düşük hizalama puanları ile vurur.
- Bugfix:. Belirsiz bazlar neden sonsuz döngü
- İsteğe bağlı çıkış sorgu dizisi.
Yerine SSE2-GB
Yorum Bulunamadı