goby

kayabalığı ikili veri dosyalarını okumak için bir Python API Goby nesil veri yönetimi çerçevesi kullanılarak oluşturulmuş olduğunu.
Normalde, bu dizin komple Goby paketinin bir parçası, hazır olarak geliyor:
& Nbsp; http: //goby.campagnelab.org/
komple paket Java kaynak kodunu içerir. Eğer PyPI veya bazı diğer Python özgü bir kaynaktan bu paketi yüklediyseniz, kod sadece Python kısmını almış olabilir.
Geliştirme Uyarı
Goby Python kütüphaneleri, Java uygulaması olarak olgun değildir. Daha hatalı olabilir ve Java versiyonu bulunan özelliklerin tümünü temin etmek üzere tasarlanmamıştır.
Kurulum:
& Nbsp; 1. Python 2.5 veya daha yeni sahip olduğunuzdan emin olun. Şüphe varsa, çalıştırın:
Python -V
& Nbsp; 2. İndir ve önkoşul Python paketlerini yüklemek:
& Nbsp; 1. Protokol Tamponlar
& Nbsp; http://code.google.com/p/protobuf/ veya PyPI bulunmakta
& Nbsp;
2. pyjavaproperties - java.util.Properties Python değiştirme
& Nbsp; http://pypi.python.org/pypi/pyjavaproperties Kullanılabilir
& Nbsp; 3. Goby paketini yükleyin:
piton setup.py install
& Nbsp; Bu adım süper ayrıcalıkları gerektirebilir.
Kullanım:
Örnek komut Python Goby dosyaların içeriğine erişmek için nasıl göstermek için verilmiştir.
& Nbsp; * Burada Goby hizalama dosya tarama nasıl:
& Nbsp; GobyAlignmentStats.py basename
(Dosyalar basename.entries ve basename.header çıkmanız gerekir.)
& Nbsp; * sonraki komutu metin olarak bir hizalama dosyasının içeriğini basacaktır:
GobyAlignmentToText.py basename
& Nbsp; * Bir kompakt çevirecektir sonraki komutu Fasta formatında dosyasını okur:
GobyCompactToFasta.py file.compact-okur
& Nbsp; * Bir kompakt içeriği ile ilgili istatistikleri basacaktır sonraki komut dosyasını okur:
GobyReadsStats.py file.compact-okur

Gereksinimler :

• Python