MetagenomeDB

. Bir MongoDB veritabanı üstünde bir soyutlama katmanı olarak MetagenomeDB hareket;

MetagenomeDB kolayca & nbsp saklamak, almak ve metagenomic dizileri açıklama için tasarlanmış bir Python kütüphanesi. Bu nesneler, yani dizilerin ve koleksiyonları iki tür oluşturmak ve değiştirmek ve bağlamak için bir API sağlar:
& Nbsp; * dizileri (Sekans sınıfı) olabilir okur contigler PCR klonu, vs.
& Nbsp; * (Koleksiyon sınıfı) dizileri setleri temsil koleksiyonları; örneğin, bir numunenin dizilenmesi ile elde edilen okur, kontiglerinin okuyan bir dizi PCR kütüphane-sinden toplanabilir
Herhangi bir nesnenin bir sözlük gibi sözdizimi kullanılarak açıklamalı edilebilir:
# İlk biz kütüphane ithal
mdb olarak ithal MetagenomeDB
# Daha sonra biz iki ile yeni bir Dizi nesnesi oluşturmak
# (Zorunlu) özellikleri, 'isim' ve 'dizisi'
s = mdb.Sequence ({"name": "Benim dizisi", "dizisi": "ATGC"})
# Nesne artık açıklamalı olabilir
Print'in s ["uzunluk"]
s ["type"] = "okuma"
# Bir kez değiştirilmiş, nesne taahhüt gerekir
Modifikasyonlar kalması için veritabanına #
s.commit ()
Tip Dizi veya Collection nesneler çeşitli metagenomic veri setlerini temsil etmek için birbirlerine bağlanabilir. Örnekler arasında, bunlarla sınırlı değildir:
& Nbsp; * Bir sıralama çalıştırmak kaynaklanan okur toplanması (çoklu Sıra arasındaki ilişki nesneleri ve bir Koleksiyonu)
& Nbsp; * bir dizi montaj kaynaklanan komşularla kümesi okur (iki Koleksiyon nesneler arasındaki ilişki)
& Nbsp; * Bir kontigin parçası olduğunu okur (çoklu Sıra arasındaki ilişki nesneleri ve bir Sıra)
& Nbsp; * Başka bir diziye benzer dizisi (iki Sıra arasındaki ilişki nesneleri)
& Nbsp; (iki Koleksiyon nesneler arasında ilişki) daha büyük bir koleksiyonun parçası olan * koleksiyon
Sonuç adanmış yöntemlerle araştırılmalıdır olabilir dizileri ve toplama bir ağ olduğunu; IEG, Collection.list_sequences (), Sequence.list_collections (), Sequence.list_related_sequences (). Bu yöntemlerin her biri MongoDB sorgulama sözdizimini kullanarak sofistike filtreler için izin:
# Liste türü 'collection_of_reads' tüm koleksiyonları
# Dizisi 's' ait
koleksiyonları = s.list_collections ({"type": "collection_of_reads"})
# Listesi de bu koleksiyonlara ait tüm diziler
En az 50 bp uzunluğundaki #
koleksiyonlarda c:
& Nbsp; baskı c.list_sequences ({"uzunluk": {"$ gt": 50}})
MetagenomeDB ayrıca nükleotid dizilerini almak için komut satırı araçları, protein dizileri, BLAST ve FAŞTA hizalama algoritmaları çıktı, ve ACE montaj dosyaları kümesi sağlar. . Diğer araçlar eklemek veya kaldırmak birden çok nesne veya bunları açıklama sağlanmaktadır

Gereksinimleri :

• Python