snakemake

make gibi sistemleri kurmak sık, örneğin karmaşık iş akışları oluşturmak için kullanılır . biyoinformatik & nbsp; snakemake birlikte hızlı ve rahat bir yürütme ortamı ile, python tarzı temiz ve modern bir etki belirli özelliklere dili (DSL) sağlayarak oluşturma iş akışlarının karmaşıklığın azaltılmasını amaçlamaktadır.
Kurulum
- Ubuntu 12.04 üzerinde, bizim launchpad deposunda bulunan Debian paket python3-snakemake yükleyebilirsiniz.
- Diğer sistemlerde, Python> = 3.2 çalışan bir kurulum gerektirmez. Sisteminize bağlı olarak, daha sonra easy_install snakemake veya komut satırında easy_install3 snakemake ya yayımlayarak snakemake yükleyebilirsiniz. Yönetici ayrıcalıkları yoksa, easy_install argüman --user bakabilirsiniz.
- Son olarak, snakemake el pypi kaynak kodu arşivini indirerek monte edilebilir.
Kullanım
Snakemake birkaç sonraki adımda dosyaları oluşturmak iş akışlarını tanımlamak için basit bir DSL sunar:
Numuneler = ["01", "02"]
# Isteğe işin gereken bir dizin tanımlar.
Workdir: "/ yol / Workdir"
#, Yapmak inşa hedefler olarak hareket kukla kurallarını tanımlamak için benzer.
Tüm kural:
& Nbsp; girdi: "diffexpr.tsv", ...
özetler kural:
& Nbsp; girdi: numunelerde s için "{örnek} .mapped.bam" .format (örnek = s)
& Nbsp; çıktı: "diffexpr.tsv"
& Nbsp; çalıştırın:
& Nbsp; # ... girdi dosyaları çıktı üretmek için bazı python kodu sağlamak
& Nbsp; # örn. endeksi ile erişim girdi dosyaları
& Nbsp; girişi [1]
& Nbsp; # erişim joker değerleri
& Nbsp; wildcards.sample
& Nbsp; # kolayca doğrudan erişim yerken otomatik olarak varsayılan kabuk kullanarak kabuk komutları çalıştırın
& Nbsp; formatlı minilanguage üzerinden tüm yerel ve küresel değişkenleri #
& Nbsp; Konuları = 6
& Nbsp; kabuk ("somecommand --threads {konuları} {girişi [0]} {çıkışı [0]}")
map_reads kural:
& Nbsp; # giriş ve çıkış dosyaları için isimleri atamak
& Nbsp; girdi: = "{örnek} .fastq", hg19 = "hg19.fasta" okur
& Nbsp; # işareti çıktı dosyaları yazma korumalı oluşturulduktan sonra olmak üzere
& Nbsp; çıktı: eşlenen = korumalı ("{örnek} .mapped.sai")
& Nbsp; # İsteğe yerine kural uygulamasına ilişkin genel kural açıklaması görüntülenen mesajları tanımlar:
& Nbsp; iletisi: "eşleme okur {} input.hg19"
& Nbsp; konuları: 8
& Nbsp; kabuk:
& Nbsp; python sözdizimi gerekli değilse # doğrudan (çok veya tek hat dize) kabuk komutları sağlamak.
& Nbsp; # yine küresel ve yerel değişkenler biçiminde minilanguage üzerinden erişilebilir.
& Nbsp; # Ayrıca, kural tarafından kullanılan iş parçacığı sayısı belirtilebilir. snakemake zamanlayıcı yeterli çekirdek -j komut satırı seçeneği ile hazır olmadığını kural parçacığı belirtilen sayıda çalıştırmak olmasını sağlar.
& Nbsp; "" "
& Nbsp; bwa aln t {konuları} {input.hg19} {input.reads}> {} output.mapped
& Nbsp, bazı --Diğer --command
& Nbsp; "" "
Böyle bir sözdizimi ile bir "Snakefile" göz önüne alındığında, iş akışı issueing (örneğin 6 paralel süreçler kadar kullanarak) idam edilebilir:
& Nbsp; snakemake -j6 -s Snakefile
Daha fazla bilgi için Öğretici bakınız

Özellikler:.